More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3724 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
384 aa  773    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  72.05 
 
 
390 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  31.83 
 
 
397 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 
395 aa  181  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
415 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
415 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.58 
 
 
405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.58 
 
 
405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  32.58 
 
 
405 aa  162  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 
411 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
405 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.29 
 
 
405 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.29 
 
 
405 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  32.58 
 
 
405 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.29 
 
 
405 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 
395 aa  160  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.01 
 
 
395 aa  159  9e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  32.01 
 
 
405 aa  159  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 
419 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
413 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  34.66 
 
 
405 aa  157  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.79 
 
 
415 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  32.45 
 
 
443 aa  155  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
395 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  37.55 
 
 
391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
390 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  30.14 
 
 
418 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
414 aa  152  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 
417 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
402 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
396 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
397 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
450 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
389 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.95 
 
 
463 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
396 aa  150  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
415 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
393 aa  149  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 
417 aa  149  9e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
390 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.17 
 
 
397 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.25 
 
 
376 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  33.04 
 
 
416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
390 aa  146  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
438 aa  146  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
384 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
387 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.64 
 
 
393 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  29.69 
 
 
402 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
402 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  29.66 
 
 
402 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
415 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 
445 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  34.64 
 
 
384 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
415 aa  144  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
395 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  28.53 
 
 
402 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  30.24 
 
 
840 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
412 aa  139  6e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.61 
 
 
392 aa  140  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
395 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
390 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
419 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
395 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  30.35 
 
 
440 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.24 
 
 
389 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
402 aa  138  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  32.68 
 
 
414 aa  138  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  29.58 
 
 
395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.33 
 
 
406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.7 
 
 
399 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
399 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
421 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
421 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
432 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
397 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
387 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
394 aa  136  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  29.33 
 
 
407 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  29.33 
 
 
407 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
423 aa  135  9e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.01 
 
 
414 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  28.16 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.6 
 
 
382 aa  135  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  29.33 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  29.78 
 
 
413 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 
408 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
421 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
389 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  27.56 
 
 
431 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
470 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.58 
 
 
393 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.95 
 
 
401 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.11 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>