More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4215 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  87.95 
 
 
398 aa  717    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
402 aa  813    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  69.95 
 
 
395 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  61.04 
 
 
395 aa  488  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  60.94 
 
 
395 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  60.9 
 
 
401 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  59.84 
 
 
401 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  56.97 
 
 
405 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  60.22 
 
 
402 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  57.4 
 
 
411 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  58.24 
 
 
411 aa  461  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.55 
 
 
402 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  55.16 
 
 
406 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  57.1 
 
 
421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  53.25 
 
 
402 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  49.61 
 
 
406 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
406 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
415 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
408 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  28.62 
 
 
422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
410 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 
432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
384 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
417 aa  107  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
441 aa  107  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
415 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
418 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  28.4 
 
 
418 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.47 
 
 
417 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
395 aa  99.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
416 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
415 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
390 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.82 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
415 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.63 
 
 
410 aa  96.3  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
417 aa  95.9  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.89 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
418 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
418 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
411 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 
414 aa  92.8  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 
396 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.99 
 
 
438 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  23.14 
 
 
391 aa  90.5  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
396 aa  90.1  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
437 aa  90.1  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
400 aa  90.1  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.46 
 
 
451 aa  89.7  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
416 aa  89.7  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
390 aa  88.2  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.63 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.49 
 
 
401 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
397 aa  87.4  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0331  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
403 aa  87  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
445 aa  87  5e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  27.13 
 
 
415 aa  87  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.08 
 
 
399 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
399 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
390 aa  86.7  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
394 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
378 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
381 aa  85.1  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
389 aa  84.3  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
401 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.92 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
394 aa  84  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
411 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  22.32 
 
 
395 aa  83.6  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.36 
 
 
405 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.25 
 
 
390 aa  83.2  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  24.94 
 
 
417 aa  83.2  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
405 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 
423 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
393 aa  82  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.62 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.27 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  26.61 
 
 
405 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.87 
 
 
405 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
400 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  23.66 
 
 
407 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  23.66 
 
 
407 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.01 
 
 
403 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.87 
 
 
405 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  25.53 
 
 
394 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
417 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.86 
 
 
401 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28.71 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
395 aa  80.9  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
411 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
409 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 
413 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
401 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  23.34 
 
 
402 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.85 
 
 
404 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>