More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1454 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  100 
 
 		 418 aa  864    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  92.09 
 
 		 417 aa  785    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  80.58 
 
 		 416 aa  710    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  77.63 
 
 		 418 aa  649    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 418 aa  864    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  79.86 
 
 		 416 aa  704    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  77.63 
 
 		 418 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  60.58 
 
 		 411 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  60.1 
 
 		 411 aa  499  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  61.6 
 
 		 412 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  59.52 
 
 		 411 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  58.09 
 
 		 409 aa  472  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  57.28 
 
 		 412 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  55.64 
 
 		 411 aa  470  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  55.98 
 
 		 411 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  57.32 
 
 		 411 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  54.61 
 
 		 415 aa  455  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  54.61 
 
 		 411 aa  450  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  54.99 
 
 		 411 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  53.96 
 
 		 410 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  62.11 
 
 		 322 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  50.24 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  49.5 
 
 		 409 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  49.5 
 
 		 410 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  48.76 
 
 		 409 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  50.13 
 
 		 412 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  50.77 
 
 		 411 aa  348  9e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  42.42 
 
 		 417 aa  345  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.57 
 
 		 468 aa  338  7e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  40.64 
 
 		 416 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  41.28 
 
 		 434 aa  333  4e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  43.03 
 
 		 419 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.44 
 
 		 419 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.19 
 
 		 419 aa  328  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.75 
 
 		 421 aa  329  7e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  41.13 
 
 		 418 aa  328  8e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  42.32 
 
 		 419 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.19 
 
 		 419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  42.25 
 
 		 426 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  41.39 
 
 		 421 aa  325  9e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.69 
 
 		 419 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.45 
 
 		 441 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.45 
 
 		 419 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  38.61 
 
 		 436 aa  322  6e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.72 
 
 		 423 aa  320  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.69 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  43.56 
 
 		 420 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  40.81 
 
 		 422 aa  316  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  39.34 
 
 		 437 aa  315  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.58 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.58 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.58 
 
 		 404 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  39.64 
 
 		 426 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.58 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  39.34 
 
 		 433 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.58 
 
 		 425 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.76 
 
 		 426 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 		 427 aa  312  9e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.25 
 
 		 425 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.58 
 
 		 425 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  37.59 
 
 		 451 aa  306  3e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  38.14 
 
 		 430 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  37.34 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  32.76 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.58 
 
 		 471 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.58 
 
 		 471 aa  180  4.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 415 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 415 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.3 
 
 		 402 aa  103  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  28.3 
 
 		 407 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  28.3 
 
 		 407 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 		 402 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.03 
 
 		 402 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 398 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 402 aa  97.1  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 371 aa  97.4  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 419 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 402 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 		 396 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.25 
 
 		 401 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 445 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.18 
 
 		 399 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 399 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 401 aa  94.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.63 
 
 		 392 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 		 405 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 390 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.65 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  23.77 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>