More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4795 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  81.12 
 
 		 422 aa  695    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 420 aa  866    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  72.05 
 
 		 427 aa  619  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  55.73 
 
 		 430 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  55.01 
 
 		 425 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  43.94 
 
 		 416 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 		 418 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 		 418 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  44.59 
 
 		 417 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 		 411 aa  319  6e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  43.56 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  43.56 
 
 		 418 aa  318  9e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  43.81 
 
 		 416 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  41.88 
 
 		 417 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  41.89 
 
 		 416 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  43.88 
 
 		 415 aa  310  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 		 412 aa  309  5e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  41.65 
 
 		 411 aa  309  6.999999999999999e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  41.65 
 
 		 411 aa  308  8e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  43.75 
 
 		 418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  43.6 
 
 		 419 aa  302  9e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  41.61 
 
 		 409 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.62 
 
 		 419 aa  298  9e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  40.86 
 
 		 468 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.33 
 
 		 412 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.62 
 
 		 419 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.37 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.37 
 
 		 419 aa  296  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  41.5 
 
 		 411 aa  295  9e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  39.86 
 
 		 434 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  39.65 
 
 		 412 aa  293  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.12 
 
 		 419 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.12 
 
 		 441 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  44.33 
 
 		 419 aa  293  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 		 411 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.37 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  41.71 
 
 		 425 aa  289  8e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  39.75 
 
 		 426 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  41.37 
 
 		 404 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.99 
 
 		 410 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  38.33 
 
 		 421 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  41.37 
 
 		 425 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  41.37 
 
 		 425 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  41.37 
 
 		 425 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.9 
 
 		 423 aa  286  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  41.37 
 
 		 425 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  41.37 
 
 		 425 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  40.29 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  41.89 
 
 		 411 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  39.04 
 
 		 436 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  41.01 
 
 		 426 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  41.85 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  42.49 
 
 		 410 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  37.65 
 
 		 426 aa  279  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.33 
 
 		 411 aa  279  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  38.38 
 
 		 437 aa  279  7e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  38.38 
 
 		 433 aa  278  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  38.79 
 
 		 421 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  37.53 
 
 		 451 aa  278  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.4 
 
 		 409 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  38.31 
 
 		 411 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  40.58 
 
 		 410 aa  256  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  42.07 
 
 		 322 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  35.85 
 
 		 415 aa  219  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.98 
 
 		 471 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.98 
 
 		 471 aa  190  5e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 396 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 396 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 408 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.16 
 
 		 413 aa  97.1  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 415 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 		 415 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 384 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 		 415 aa  90.1  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 390 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 400 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 415 aa  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.68 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  25.28 
 
 		 421 aa  89.4  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.53 
 
 		 389 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  28.07 
 
 		 413 aa  88.2  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 402 aa  86.3  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.87 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 413 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  26.1 
 
 		 395 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  28.57 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 432 aa  82  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.52 
 
 		 410 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>