More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0920 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  84.91 
 
 		 416 aa  712    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  100 
 
 		 417 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  66.16 
 
 		 468 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  68.78 
 
 		 418 aa  551  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  69.02 
 
 		 419 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.35 
 
 		 423 aa  543  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  67.95 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.01 
 
 		 419 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.77 
 
 		 419 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.35 
 
 		 441 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.35 
 
 		 419 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.11 
 
 		 419 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.29 
 
 		 419 aa  524  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  60.88 
 
 		 434 aa  523  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  64.59 
 
 		 404 aa  513  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  64.59 
 
 		 425 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  64.59 
 
 		 425 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  64.59 
 
 		 425 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  64.59 
 
 		 425 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  64.59 
 
 		 425 aa  511  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  62.41 
 
 		 426 aa  509  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.08 
 
 		 419 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  64.84 
 
 		 425 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  61.31 
 
 		 436 aa  491  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  57.11 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  60.1 
 
 		 426 aa  491  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  58.31 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  57.95 
 
 		 426 aa  487  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  60 
 
 		 451 aa  484  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  58.63 
 
 		 437 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  58.63 
 
 		 433 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 		 416 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 		 416 aa  350  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  42.42 
 
 		 418 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  42.42 
 
 		 418 aa  346  4e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  44.84 
 
 		 410 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  42.2 
 
 		 415 aa  340  4e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  42.68 
 
 		 417 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 		 411 aa  336  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  41.61 
 
 		 411 aa  332  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  44.79 
 
 		 409 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  45.02 
 
 		 409 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  40.43 
 
 		 411 aa  331  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  45.08 
 
 		 410 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  41.73 
 
 		 411 aa  330  4e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  41.02 
 
 		 409 aa  326  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  40.44 
 
 		 412 aa  326  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 		 427 aa  322  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  44.39 
 
 		 411 aa  318  9e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  42.44 
 
 		 411 aa  317  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  41.02 
 
 		 411 aa  316  5e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  38.37 
 
 		 411 aa  316  6e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  43.77 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  41.16 
 
 		 410 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  39.45 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  41.88 
 
 		 420 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  45.54 
 
 		 322 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  38.69 
 
 		 422 aa  295  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  38.64 
 
 		 425 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  32.23 
 
 		 415 aa  207  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.6 
 
 		 471 aa  186  8e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.37 
 
 		 471 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 408 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 411 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 384 aa  106  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 445 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 396 aa  101  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  27.5 
 
 		 397 aa  100  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 390 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 		 415 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 415 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 396 aa  95.5  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 415 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 432 aa  92.8  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  25.41 
 
 		 391 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  25.45 
 
 		 451 aa  90.9  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 416 aa  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  25.19 
 
 		 448 aa  87.4  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 406 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  23.75 
 
 		 421 aa  86.7  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.59 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 413 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.65 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>