More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0836 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
390 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  72.05 
 
 
384 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  33.52 
 
 
397 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
395 aa  166  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
395 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
395 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  32.64 
 
 
405 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 
415 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
396 aa  159  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
396 aa  158  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.47 
 
 
376 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  34.8 
 
 
417 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  30.12 
 
 
391 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
419 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 
415 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
445 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 
417 aa  149  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
414 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
387 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
415 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
415 aa  146  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
390 aa  145  9e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
419 aa  145  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
397 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.55 
 
 
463 aa  143  7e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
413 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  29.51 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  30.97 
 
 
443 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  31.54 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.44 
 
 
399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.86 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.54 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.54 
 
 
405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
415 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  30.47 
 
 
411 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
421 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
421 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  31 
 
 
405 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.27 
 
 
405 aa  139  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  33.71 
 
 
401 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.26 
 
 
395 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
415 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
395 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.25 
 
 
405 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31 
 
 
395 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
421 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.25 
 
 
405 aa  138  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  28.61 
 
 
418 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  32.36 
 
 
384 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.98 
 
 
405 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
412 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  29.43 
 
 
392 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
395 aa  136  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  29.66 
 
 
431 aa  136  8e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.37 
 
 
390 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
421 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  28.45 
 
 
840 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  34.58 
 
 
386 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  28.73 
 
 
440 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
394 aa  133  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
390 aa  133  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
388 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.99 
 
 
392 aa  132  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0150  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  29.17 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.79 
 
 
389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
406 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
395 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
393 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
432 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  31.7 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.18 
 
 
416 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  29.26 
 
 
393 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  28.21 
 
 
402 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
388 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.08 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
405 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0435  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 
392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210014  normal  0.813899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  27.75 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
389 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>