More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1017 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  90.05 
 
 		 392 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 392 aa  793    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  54.72 
 
 		 387 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  54.35 
 
 		 393 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  52.42 
 
 		 390 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  53.91 
 
 		 402 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  51.02 
 
 		 395 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  55.56 
 
 		 390 aa  399  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  50.9 
 
 		 395 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  54.72 
 
 		 392 aa  398  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  52.56 
 
 		 402 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  50.64 
 
 		 395 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  54.82 
 
 		 389 aa  397  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  50.26 
 
 		 395 aa  395  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  51.45 
 
 		 387 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  50.76 
 
 		 395 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  51.41 
 
 		 397 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  52.22 
 
 		 390 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 		 390 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  49.74 
 
 		 406 aa  368  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 		 410 aa  202  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 		 389 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 		 401 aa  191  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 		 395 aa  190  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 		 391 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 		 388 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  32.44 
 
 		 396 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 398 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 		 399 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 		 379 aa  179  9e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 		 388 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 389 aa  176  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  31.85 
 
 		 390 aa  176  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 		 379 aa  172  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  32.38 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 386 aa  170  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  30.64 
 
 		 390 aa  169  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 412 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 391 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  32.45 
 
 		 414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 		 389 aa  164  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  33.04 
 
 		 392 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 		 390 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  31.1 
 
 		 392 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 392 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 		 399 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 		 395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  32.24 
 
 		 387 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 392 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 413 aa  144  4e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  29.92 
 
 		 392 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.89 
 
 		 399 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 		 390 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 		 390 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 423 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  28.42 
 
 		 393 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 399 aa  130  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 390 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 390 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 391 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  25.74 
 
 		 393 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 390 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  28.25 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  31.27 
 
 		 406 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 390 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 		 384 aa  119  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  27.97 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 419 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 392 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.87 
 
 		 397 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 		 445 aa  100  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>