More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_C6330 on replicon NC_007336
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
397 aa  818    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
390 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
384 aa  195  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 
396 aa  187  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
396 aa  182  9.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
395 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
395 aa  170  5e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
415 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
417 aa  149  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.42 
 
 
415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
391 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
437 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
415 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
415 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
415 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  29.52 
 
 
422 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
414 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2894  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
421 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
417 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
415 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
405 aa  127  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 
410 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  126  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
393 aa  126  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  26.4 
 
 
381 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
412 aa  126  7e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.37 
 
 
405 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.88 
 
 
405 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
411 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.7 
 
 
395 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  124  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
400 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  27.62 
 
 
405 aa  124  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.62 
 
 
405 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.12 
 
 
391 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.03 
 
 
399 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
399 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
397 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
407 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
416 aa  119  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  24.71 
 
 
452 aa  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  25.39 
 
 
411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.49 
 
 
401 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.98 
 
 
410 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  25.7 
 
 
451 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
415 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.41 
 
 
402 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.21 
 
 
392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  24.82 
 
 
448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.27 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.67 
 
 
407 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.67 
 
 
407 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.21 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  25.29 
 
 
450 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
401 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 
419 aa  113  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.76 
 
 
402 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.29 
 
 
403 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  25.32 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
388 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.09 
 
 
396 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.71 
 
 
413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.58 
 
 
450 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  28.61 
 
 
394 aa  110  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
399 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
415 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
408 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
392 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  24.94 
 
 
450 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
395 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  24.87 
 
 
392 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
389 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  25.33 
 
 
392 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  24.94 
 
 
450 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  24.87 
 
 
450 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  22.85 
 
 
388 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  27.06 
 
 
395 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
389 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7912  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
407 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
419 aa  105  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  25 
 
 
418 aa  106  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
395 aa  106  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  23.34 
 
 
391 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.88 
 
 
401 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.3 
 
 
401 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
405 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 
392 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
376 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>