More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0182 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  80.8 
 
 		 401 aa  677    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 401 aa  815    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  78.27 
 
 		 411 aa  628  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  75.53 
 
 		 395 aa  600  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  75.53 
 
 		 395 aa  599  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.5 
 
 		 402 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  72.61 
 
 		 402 aa  568  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  68.98 
 
 		 406 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  65.16 
 
 		 395 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  60.9 
 
 		 402 aa  485  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  58.79 
 
 		 398 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  58.4 
 
 		 411 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  59.79 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  58.38 
 
 		 421 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  55.96 
 
 		 402 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  56.99 
 
 		 406 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  56.46 
 
 		 406 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 		 408 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 390 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 		 384 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  27.49 
 
 		 397 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 396 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 417 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  28.09 
 
 		 423 aa  116  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  31.85 
 
 		 432 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 394 aa  112  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  34.59 
 
 		 445 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 438 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.96 
 
 		 438 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 395 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.1 
 
 		 415 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.85 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 415 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 		 397 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.73 
 
 		 391 aa  103  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.16 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 		 413 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 394 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.43 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.19 
 
 		 412 aa  100  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.11 
 
 		 422 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.52 
 
 		 399 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 		 404 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 		 399 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.77 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  26.07 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.05 
 
 		 410 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 390 aa  96.7  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 386 aa  96.3  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.69 
 
 		 397 aa  96.3  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.14 
 
 		 387 aa  95.9  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 445 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.51 
 
 		 450 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.83 
 
 		 381 aa  95.1  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  27.07 
 
 		 393 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 382 aa  94  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.88 
 
 		 418 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 418 aa  94  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 		 393 aa  93.6  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 		 378 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 		 399 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 405 aa  93.2  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.45 
 
 		 405 aa  93.2  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.45 
 
 		 405 aa  92.8  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 397 aa  92.8  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 374 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  28.87 
 
 		 394 aa  92.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.45 
 
 		 405 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 400 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.34 
 
 		 392 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.32 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 397 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.32 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.23 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.76 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>