More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4465 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  823    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  88.67 
 
 
402 aa  714    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  87.44 
 
 
402 aa  723    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  71.13 
 
 
395 aa  574  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  70.18 
 
 
401 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  71.09 
 
 
395 aa  571  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  70.23 
 
 
411 aa  568  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  71.5 
 
 
401 aa  567  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  62.77 
 
 
395 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  55.13 
 
 
411 aa  449  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  56.52 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 
405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  56.81 
 
 
421 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  56.99 
 
 
402 aa  443  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  52.03 
 
 
402 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  53.16 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  52.37 
 
 
406 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
415 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
396 aa  127  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
437 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
395 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  32.12 
 
 
392 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
415 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
445 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
410 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  29.25 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  29.65 
 
 
405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  33 
 
 
392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
392 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  31.03 
 
 
392 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
417 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
382 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.91 
 
 
391 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  29.24 
 
 
412 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.44 
 
 
410 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.73 
 
 
419 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.97 
 
 
399 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
399 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
417 aa  106  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
378 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.61 
 
 
376 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
441 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.2 
 
 
394 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.65 
 
 
392 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
382 aa  104  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.69 
 
 
397 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
413 aa  104  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
415 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.72 
 
 
402 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
395 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
392 aa  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24 
 
 
451 aa  103  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
382 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
399 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
415 aa  102  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
415 aa  102  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
419 aa  101  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
402 aa  101  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
390 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
394 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  28.12 
 
 
463 aa  100  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.6 
 
 
397 aa  99.8  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
386 aa  99.8  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
389 aa  99.4  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  28.28 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
414 aa  99.4  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
384 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
405 aa  98.6  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.08 
 
 
407 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.08 
 
 
407 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
402 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.39 
 
 
405 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.77 
 
 
405 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.43 
 
 
405 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.77 
 
 
405 aa  97.1  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.08 
 
 
402 aa  97.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  27.36 
 
 
418 aa  96.7  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  96.7  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
376 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.67 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  29.33 
 
 
407 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
416 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
401 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
407 aa  95.9  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  24.77 
 
 
450 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
421 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
421 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.67 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
386 aa  95.1  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.62 
 
 
438 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  26.41 
 
 
405 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
418 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
412 aa  94.7  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  26.56 
 
 
418 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.02 
 
 
390 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  27.03 
 
 
443 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>