More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2316 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
437 aa  912    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  33.58 
 
 
415 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  28.74 
 
 
397 aa  147  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
410 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  28.42 
 
 
421 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
396 aa  133  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
432 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 
415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
406 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.88 
 
 
402 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
402 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
406 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
411 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  30.18 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
390 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
419 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.61 
 
 
391 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
396 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
405 aa  118  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.27 
 
 
415 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  27.98 
 
 
418 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
391 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
413 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
397 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
415 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.08 
 
 
393 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  26.83 
 
 
395 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
415 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
415 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
408 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  26.76 
 
 
419 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  26.47 
 
 
402 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
395 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
402 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
393 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
402 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  25.96 
 
 
463 aa  107  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  25.69 
 
 
405 aa  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
395 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  28.18 
 
 
443 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
411 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.86 
 
 
395 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
402 aa  106  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 
388 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
421 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  25.4 
 
 
423 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
421 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.88 
 
 
414 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
395 aa  104  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  26.91 
 
 
407 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  27.72 
 
 
405 aa  104  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
413 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
438 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  30.61 
 
 
416 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
421 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
414 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
395 aa  101  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
414 aa  101  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
395 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.49 
 
 
376 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
390 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.39 
 
 
420 aa  100  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  24.44 
 
 
440 aa  99.8  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
395 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  23.86 
 
 
402 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  23.8 
 
 
428 aa  98.2  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  26.41 
 
 
436 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
398 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
423 aa  98.2  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  26.54 
 
 
420 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.1 
 
 
417 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.8 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
390 aa  95.1  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
379 aa  95.5  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  25.59 
 
 
436 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
391 aa  94.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
402 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
412 aa  94.7  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
399 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  24.37 
 
 
422 aa  94.7  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
421 aa  94.7  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
388 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
401 aa  94.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  24.11 
 
 
422 aa  94.4  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
397 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
417 aa  94.4  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  25.59 
 
 
423 aa  94  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
397 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.86 
 
 
421 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.86 
 
 
421 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
376 aa  94  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  24.68 
 
 
418 aa  93.6  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>