More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5728 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  77.61 
 
 
401 aa  665    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  87.31 
 
 
402 aa  747    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  87.63 
 
 
397 aa  736    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  99.5 
 
 
402 aa  823    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  76.87 
 
 
401 aa  661    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  80.05 
 
 
399 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  80.71 
 
 
392 aa  680    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  80.05 
 
 
399 aa  681    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
407 aa  838    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  100 
 
 
407 aa  838    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  77.67 
 
 
401 aa  674    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  77.04 
 
 
401 aa  617  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  66.67 
 
 
401 aa  554  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  66.33 
 
 
403 aa  540  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.17 
 
 
400 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  57.67 
 
 
400 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.67 
 
 
400 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7652  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.57 
 
 
289 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.95 
 
 
415 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
411 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28.16 
 
 
410 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
384 aa  136  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
413 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.63 
 
 
451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
402 aa  126  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.72 
 
 
438 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
390 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
415 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
415 aa  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.96 
 
 
402 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
417 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
402 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.84 
 
 
402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
432 aa  122  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.94 
 
 
398 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
417 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  28.25 
 
 
391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.78 
 
 
450 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.37 
 
 
398 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
398 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.32 
 
 
396 aa  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
402 aa  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
398 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
402 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.33 
 
 
401 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.37 
 
 
398 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
392 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.37 
 
 
398 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
404 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.55 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
397 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.67 
 
 
397 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.06 
 
 
404 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  28.53 
 
 
419 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
408 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
408 aa  112  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.55 
 
 
403 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.47 
 
 
399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.35 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.54 
 
 
450 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 
399 aa  111  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
397 aa  111  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
415 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 
399 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 
399 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
445 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  30.64 
 
 
417 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  25.59 
 
 
413 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.21 
 
 
406 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
398 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  25.97 
 
 
404 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26.08 
 
 
417 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0949  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.13 
 
 
399 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
403 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
414 aa  109  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
411 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
415 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
419 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  25.59 
 
 
450 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0357  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
408 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767142 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
398 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
405 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
397 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  25.71 
 
 
406 aa  107  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  25.54 
 
 
450 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
395 aa  106  7e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  25.54 
 
 
450 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>