More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2256 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  91.85 
 
 
405 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  93.52 
 
 
404 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
403 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  88.03 
 
 
416 aa  703    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  60.86 
 
 
397 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  60.1 
 
 
395 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  59.95 
 
 
397 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  60.05 
 
 
397 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  56.93 
 
 
399 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  54.84 
 
 
409 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  54.81 
 
 
401 aa  461  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  55.15 
 
 
417 aa  464  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  55.83 
 
 
402 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  55.1 
 
 
400 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.06 
 
 
401 aa  463  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  55.42 
 
 
420 aa  464  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  55.82 
 
 
406 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  58.13 
 
 
401 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  55.92 
 
 
401 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.84 
 
 
403 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  56.39 
 
 
401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  54.93 
 
 
413 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  54.13 
 
 
412 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  54.79 
 
 
401 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  57.33 
 
 
402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  52.53 
 
 
413 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  53.67 
 
 
401 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  55.81 
 
 
394 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  54.02 
 
 
409 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  53.65 
 
 
401 aa  444  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  50.62 
 
 
406 aa  441  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.23 
 
 
401 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  54.5 
 
 
401 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  51.49 
 
 
419 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  53.43 
 
 
404 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  52.72 
 
 
409 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  53.87 
 
 
403 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  54.19 
 
 
411 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.73 
 
 
402 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  50.99 
 
 
402 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.96 
 
 
400 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  52.07 
 
 
415 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  51.89 
 
 
419 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  52 
 
 
403 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  51.47 
 
 
403 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  51.85 
 
 
405 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  53.06 
 
 
408 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  52.21 
 
 
402 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  52.42 
 
 
400 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  54.29 
 
 
408 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.95 
 
 
402 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  51.47 
 
 
405 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.69 
 
 
400 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  50.92 
 
 
400 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  52.12 
 
 
407 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  50.12 
 
 
404 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  54.01 
 
 
408 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  51.32 
 
 
427 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  52.7 
 
 
408 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  51.24 
 
 
402 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  51.87 
 
 
400 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  49.5 
 
 
404 aa  421  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  53.21 
 
 
408 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3877  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  50.25 
 
 
406 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188449  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  50.26 
 
 
405 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
404 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  55.59 
 
 
406 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  54.09 
 
 
401 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  53.23 
 
 
412 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  53.56 
 
 
401 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  48.63 
 
 
403 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  50.51 
 
 
399 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  50.51 
 
 
400 aa  411  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  50.76 
 
 
400 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.1 
 
 
396 aa  412  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  51.7 
 
 
405 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
402 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1850  putative ABC transporter, substrate binding protein  50.8 
 
 
402 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  52.36 
 
 
412 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  51.93 
 
 
398 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  53.49 
 
 
408 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
400 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  52.03 
 
 
399 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  52.63 
 
 
404 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1473  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  51.17 
 
 
406 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  52.55 
 
 
409 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  52.03 
 
 
399 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.22 
 
 
399 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  50.53 
 
 
407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.68 
 
 
399 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  51.34 
 
 
403 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  51.67 
 
 
398 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  50.66 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  50 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  48.51 
 
 
405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  47.01 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.49 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.49 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
406 aa  402  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>