More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6215 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
403 aa  831    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  64.23 
 
 
420 aa  533  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  65.34 
 
 
413 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  62.8 
 
 
412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  59.64 
 
 
406 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  60.56 
 
 
401 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  60.73 
 
 
413 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  60.1 
 
 
409 aa  502  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  62.93 
 
 
403 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
400 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  59.31 
 
 
401 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  60.71 
 
 
404 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  61.23 
 
 
402 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 
405 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  63.64 
 
 
401 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  63.2 
 
 
412 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  58.08 
 
 
404 aa  484  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  61.39 
 
 
401 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  56.19 
 
 
417 aa  481  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  56.68 
 
 
419 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  58.71 
 
 
416 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  58.18 
 
 
404 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  57.93 
 
 
404 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  56.66 
 
 
401 aa  475  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.92 
 
 
401 aa  477  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  62.3 
 
 
401 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  58.16 
 
 
409 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  56.76 
 
 
406 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  59.34 
 
 
394 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  56.6 
 
 
401 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  58.33 
 
 
401 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  57.18 
 
 
409 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  61.38 
 
 
406 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  59.21 
 
 
408 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  57.82 
 
 
400 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  57.56 
 
 
400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  57.26 
 
 
403 aa  468  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  56.84 
 
 
403 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  57.45 
 
 
400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  54.7 
 
 
409 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  57.93 
 
 
405 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  57.75 
 
 
416 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  57.64 
 
 
400 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  55.5 
 
 
401 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  54.73 
 
 
409 aa  463  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  55.73 
 
 
415 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  57.83 
 
 
397 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  56.82 
 
 
395 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  57.48 
 
 
399 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  56.48 
 
 
411 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  59.79 
 
 
397 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  56.76 
 
 
400 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  59.52 
 
 
397 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  56.89 
 
 
402 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  56.68 
 
 
427 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  55.19 
 
 
402 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  54.43 
 
 
403 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  56.64 
 
 
403 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  54.04 
 
 
401 aa  454  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  58.36 
 
 
408 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.04 
 
 
401 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  57.22 
 
 
407 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  54.77 
 
 
409 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  58.5 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  57.11 
 
 
408 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  53.37 
 
 
413 aa  451  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  56.58 
 
 
408 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.71 
 
 
399 aa  450  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  57.03 
 
 
412 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  52.94 
 
 
405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  54.57 
 
 
411 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  55.29 
 
 
419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3849  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  56.08 
 
 
392 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.375619  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  54.43 
 
 
400 aa  441  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  53.13 
 
 
404 aa  443  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  56.58 
 
 
408 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3877  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  54.09 
 
 
406 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188449  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  52.69 
 
 
405 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  54.18 
 
 
400 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1850  putative ABC transporter, substrate binding protein  55.61 
 
 
402 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  55.64 
 
 
404 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  55.12 
 
 
404 aa  435  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1473  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  54.69 
 
 
406 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  55.11 
 
 
400 aa  436  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  51.98 
 
 
402 aa  431  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.5 
 
 
403 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
402 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  54.62 
 
 
404 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  54.86 
 
 
410 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  53.03 
 
 
398 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  54.09 
 
 
405 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  53.07 
 
 
404 aa  431  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  53.27 
 
 
406 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2079  branched chain amino acid transport system substrate binding protein  53.49 
 
 
404 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  52.39 
 
 
404 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  52.48 
 
 
402 aa  425  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  53.71 
 
 
398 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.02 
 
 
402 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.69 
 
 
392 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.14 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>