More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3421 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
406 aa  833    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  65.87 
 
 
420 aa  521  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  64.3 
 
 
413 aa  511  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  60.89 
 
 
403 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.2 
 
 
401 aa  462  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  57.51 
 
 
417 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  55.94 
 
 
401 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  55.91 
 
 
401 aa  461  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  55.06 
 
 
404 aa  459  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  56.08 
 
 
404 aa  455  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  57.33 
 
 
403 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  56.6 
 
 
400 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  55.3 
 
 
409 aa  455  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  56.51 
 
 
406 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  57.6 
 
 
403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  54.66 
 
 
403 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  56.68 
 
 
411 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  56.44 
 
 
409 aa  448  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  54.84 
 
 
401 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  54.14 
 
 
401 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  54.93 
 
 
405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  57.32 
 
 
404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.46 
 
 
419 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  52.32 
 
 
405 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  53.88 
 
 
401 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  52.51 
 
 
401 aa  438  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  53.25 
 
 
409 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1850  putative ABC transporter, substrate binding protein  54.15 
 
 
402 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  53.14 
 
 
413 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  51.67 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  54.19 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  54.34 
 
 
405 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  55.44 
 
 
415 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3877  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  53.81 
 
 
406 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188449  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  58.58 
 
 
406 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  54.19 
 
 
409 aa  438  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  53.16 
 
 
412 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  52.42 
 
 
404 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  54.74 
 
 
400 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  54.33 
 
 
404 aa  431  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  54.17 
 
 
409 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1473  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  53.11 
 
 
406 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.267716  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  52.99 
 
 
405 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.89 
 
 
399 aa  434  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  53.81 
 
 
404 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  56.27 
 
 
404 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  54.07 
 
 
404 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  53.06 
 
 
397 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  53.23 
 
 
399 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  52.91 
 
 
400 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  55.06 
 
 
401 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  50.49 
 
 
419 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  54.16 
 
 
400 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  52.15 
 
 
416 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  52.86 
 
 
407 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.38 
 
 
400 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  55.23 
 
 
402 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  51.75 
 
 
413 aa  427  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  54.45 
 
 
397 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  54.67 
 
 
427 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  53.37 
 
 
397 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  54.55 
 
 
401 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  57.18 
 
 
401 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  53.25 
 
 
403 aa  421  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  55.15 
 
 
408 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  52.12 
 
 
400 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  52.67 
 
 
395 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  52.23 
 
 
401 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  52.6 
 
 
402 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  54.22 
 
 
394 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  49.64 
 
 
409 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  56.65 
 
 
401 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  54.52 
 
 
405 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  53.85 
 
 
416 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  51.02 
 
 
402 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  55.12 
 
 
408 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.09 
 
 
412 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  52.76 
 
 
408 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  53.95 
 
 
405 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.48 
 
 
402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  52.49 
 
 
412 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  47.03 
 
 
402 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  52.38 
 
 
411 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  51.39 
 
 
402 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
406 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  49.37 
 
 
408 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3783  ABC transporter substrate-binding protein  49.73 
 
 
405 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3849  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  50.4 
 
 
392 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.375619  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  51.6 
 
 
400 aa  400  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 
402 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  47.22 
 
 
402 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3615  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  50.26 
 
 
404 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.489489  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.22 
 
 
402 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 
400 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  50.77 
 
 
408 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  48.98 
 
 
400 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  51.21 
 
 
405 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  51.43 
 
 
408 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1421  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  50.81 
 
 
403 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.49 
 
 
396 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>