More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2450 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  78.21 
 
 
408 aa  637    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  100 
 
 
408 aa  834    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  88.97 
 
 
408 aa  737    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  93.63 
 
 
408 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  70.34 
 
 
409 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  66.83 
 
 
409 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  71.36 
 
 
408 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  63.43 
 
 
401 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  62.34 
 
 
411 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  60.35 
 
 
402 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  59.85 
 
 
405 aa  478  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  56.62 
 
 
404 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  59.05 
 
 
400 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  58.64 
 
 
407 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  60 
 
 
409 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  62.86 
 
 
401 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  58.81 
 
 
401 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  61.27 
 
 
401 aa  455  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  57.54 
 
 
403 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  55.86 
 
 
403 aa  448  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  57.52 
 
 
408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  54.32 
 
 
405 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  53.68 
 
 
410 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  57.07 
 
 
412 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  55.56 
 
 
404 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  53.72 
 
 
402 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.9 
 
 
412 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.58 
 
 
403 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  56.75 
 
 
409 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  53.98 
 
 
403 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  55.89 
 
 
397 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  55.93 
 
 
417 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  55.96 
 
 
397 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  55.2 
 
 
400 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  56.99 
 
 
397 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  52.24 
 
 
402 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 
416 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 
420 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  53.79 
 
 
400 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  53.94 
 
 
404 aa  415  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  55.15 
 
 
399 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  56.48 
 
 
406 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  53.72 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  54.27 
 
 
395 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  53.4 
 
 
403 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  54.47 
 
 
413 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  52.44 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2930  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  52.51 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  53.93 
 
 
412 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.7 
 
 
401 aa  407  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  52.62 
 
 
413 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3615  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  51.72 
 
 
404 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.489489  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  53.02 
 
 
419 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  50.4 
 
 
405 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2079  branched chain amino acid transport system substrate binding protein  50.93 
 
 
404 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.3 
 
 
400 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  51.55 
 
 
401 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  49.63 
 
 
403 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  52.5 
 
 
404 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  51.88 
 
 
401 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  52.01 
 
 
402 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  53.03 
 
 
400 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.71 
 
 
402 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  51.39 
 
 
402 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  50.37 
 
 
404 aa  391  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  52.44 
 
 
407 aa  389  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  49.63 
 
 
406 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.51 
 
 
402 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0731  hypothetical protein  50.62 
 
 
405 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183807  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  51.38 
 
 
401 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  53.85 
 
 
401 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  51.11 
 
 
401 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  52.3 
 
 
398 aa  386  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  51.6 
 
 
402 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2694  putative substrate-binding protein  47.51 
 
 
414 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.54 
 
 
399 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  48.89 
 
 
419 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7539  putative ABC transporter (substrate binding protein)  53.63 
 
 
394 aa  381  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  50.63 
 
 
401 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  52.04 
 
 
398 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  51.45 
 
 
400 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  51.51 
 
 
406 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  51.06 
 
 
405 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  47.51 
 
 
411 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  51.63 
 
 
400 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2460  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  47.68 
 
 
407 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.187515 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  51.88 
 
 
400 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  49.48 
 
 
405 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  53.81 
 
 
406 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  50.51 
 
 
404 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  50.38 
 
 
398 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  53.32 
 
 
402 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.25 
 
 
404 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  50.49 
 
 
408 aa  377  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1421  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  49.73 
 
 
403 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  51.05 
 
 
401 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.87 
 
 
392 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2726  substrate-binding protein  45.01 
 
 
412 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.913587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  51.59 
 
 
399 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  49.75 
 
 
404 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>