More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3615 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3615  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  100 
 
 		 404 aa  831    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.489489  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2079  branched chain amino acid transport system substrate binding protein  93.52 
 
 		 404 aa  749    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0731  hypothetical protein  84.13 
 
 		 405 aa  684    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2460  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  74.81 
 
 		 407 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.187515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1421  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  57.45 
 
 		 403 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  57.98 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  55.03 
 
 		 400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  55.67 
 
 		 403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  56.39 
 
 		 401 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 		 403 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  55.47 
 
 		 400 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  56 
 
 		 404 aa  435  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  53.9 
 
 		 401 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  57.04 
 
 		 412 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  53.65 
 
 		 402 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  54.93 
 
 		 400 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  51.12 
 
 		 402 aa  428  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  53.65 
 
 		 407 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  53.99 
 
 		 411 aa  421  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  55.32 
 
 		 412 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  55.32 
 
 		 408 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  54.52 
 
 		 409 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  53.47 
 
 		 403 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  51.25 
 
 		 409 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  56.38 
 
 		 401 aa  411  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  51.12 
 
 		 409 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  53.12 
 
 		 419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  53.46 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  52.77 
 
 		 408 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  55.32 
 
 		 401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  47.03 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 		 405 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  52.48 
 
 		 405 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  49.2 
 
 		 416 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  48.94 
 
 		 404 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  51.68 
 
 		 408 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  50.76 
 
 		 411 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  51.72 
 
 		 408 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  49.01 
 
 		 405 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  51.72 
 
 		 408 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  48.02 
 
 		 402 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  49 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  50.65 
 
 		 409 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  50.52 
 
 		 417 aa  395  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  47.61 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  49.48 
 
 		 412 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  49 
 
 		 410 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  48.11 
 
 		 419 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  48.5 
 
 		 404 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  47.34 
 
 		 403 aa  388  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  49.23 
 
 		 406 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  48.37 
 
 		 413 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  47.92 
 
 		 413 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  47.91 
 
 		 420 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  50.75 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  46.91 
 
 		 404 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.67 
 
 		 401 aa  381  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  49.87 
 
 		 401 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  48.62 
 
 		 395 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.67 
 
 		 401 aa  381  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0486  substrate-binding protein  51.6 
 
 		 401 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  47.38 
 
 		 405 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  47.01 
 
 		 401 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  48.43 
 
 		 403 aa  378  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  49.07 
 
 		 401 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  47.61 
 
 		 413 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2726  substrate-binding protein  47.41 
 
 		 412 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.913587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  47.09 
 
 		 399 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  48.51 
 
 		 401 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.15 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  48.04 
 
 		 408 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  45.97 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0554  ureA/short-chain amide ABC transporter  49.6 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.930825  normal  0.0786148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  49.34 
 
 		 415 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  48.35 
 
 		 397 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  47.38 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2694  putative substrate-binding protein  45.41 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  43.56 
 
 		 402 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.71 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  48.68 
 
 		 397 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  48.95 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0659  putative substrate-binding protein  47.95 
 
 		 412 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  44.09 
 
 		 402 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  46.92 
 
 		 405 aa  363  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  48.28 
 
 		 427 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  44.89 
 
 		 401 aa  360  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  45.05 
 
 		 404 aa  360  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  44.25 
 
 		 409 aa  359  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  48 
 
 		 400 aa  359  5e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.05 
 
 		 396 aa  358  9e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  47.14 
 
 		 403 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 		 406 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3849  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  46.92 
 
 		 392 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.375619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.27 
 
 		 404 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  44.88 
 
 		 400 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  45.98 
 
 		 401 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  42.54 
 
 		 398 aa  354  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  45.57 
 
 		 409 aa  355  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 		 406 aa  354  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3023  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  49.34 
 
 		 406 aa  353  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.040363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>