More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2460 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2460  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  100 
 
 		 407 aa  834    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.187515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2079  branched chain amino acid transport system substrate binding protein  76.68 
 
 		 404 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3615  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  75.13 
 
 		 404 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.489489  normal  0.574773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0731  hypothetical protein  74.75 
 
 		 405 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  56.16 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  56.39 
 
 		 403 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  54.55 
 
 		 401 aa  425  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  55.17 
 
 		 405 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  52.01 
 
 		 402 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1421  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  54.91 
 
 		 403 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3229  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  54.89 
 
 		 412 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  53.63 
 
 		 400 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 		 400 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3279  Extracellular ligand-binding receptor  53.83 
 
 		 400 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  52.99 
 
 		 407 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  50.86 
 
 		 403 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  55.41 
 
 		 409 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 		 416 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  50.75 
 
 		 402 aa  408  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 		 401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6215  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  51.28 
 
 		 403 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  51.55 
 
 		 411 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3282  Extracellular ligand-binding receptor  53.58 
 
 		 408 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100489  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  48.77 
 
 		 409 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1339  ABC transporter substrate binding protein  52.79 
 
 		 412 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358784  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  54.23 
 
 		 401 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  49.75 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  49.25 
 
 		 401 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3779  putative ABC transporter, substrate binding protein  50.13 
 
 		 408 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  48.26 
 
 		 409 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.61 
 
 		 401 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5073  putative substrate-binding protein  50.52 
 
 		 410 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 		 405 aa  388  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.61 
 
 		 401 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1298  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  50.39 
 
 		 419 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  49.25 
 
 		 406 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  48.69 
 
 		 408 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  47.06 
 
 		 405 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  49.23 
 
 		 401 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  48.63 
 
 		 420 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  48.14 
 
 		 409 aa  381  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  48.43 
 
 		 408 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  49.09 
 
 		 413 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  48.2 
 
 		 408 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  50 
 
 		 411 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  48.7 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  48.64 
 
 		 404 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3122  Extracellular ligand-binding receptor  45.76 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  47.61 
 
 		 412 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1194  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  49.87 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  46.95 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1377  ABC transporter substrate-binding protein  45.34 
 
 		 404 aa  368  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4079  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  48.02 
 
 		 405 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2487  Extracellular ligand-binding receptor  45.38 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4670  putative ABC transporter, substrate-binding protein  46.19 
 
 		 403 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  46.02 
 
 		 401 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  48 
 
 		 401 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  46.8 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2953  ABC transporter substrate-binding protein  48.17 
 
 		 408 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  48.44 
 
 		 400 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2694  putative substrate-binding protein  46.95 
 
 		 414 aa  364  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5117  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  48.17 
 
 		 404 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  46.51 
 
 		 413 aa  363  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  48.44 
 
 		 400 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  47.61 
 
 		 399 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  46.83 
 
 		 401 aa  362  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  45.29 
 
 		 403 aa  362  7.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  47.92 
 
 		 400 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  47.01 
 
 		 395 aa  360  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  44.33 
 
 		 416 aa  359  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal  0.603773 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3199  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 		 405 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  47.76 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  46.36 
 
 		 413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  47.38 
 
 		 401 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2256  extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 		 403 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.777349  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  44.74 
 
 		 399 aa  354  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  43.28 
 
 		 402 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3877  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  44.94 
 
 		 406 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.188449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.5 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  45.78 
 
 		 415 aa  353  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2726  substrate-binding protein  47.19 
 
 		 412 aa  352  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.913587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  47.23 
 
 		 397 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.5 
 
 		 402 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 		 402 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  43.52 
 
 		 402 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4932  extracellular ligand-binding receptor  44.84 
 
 		 409 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5957  extracellular ligand-binding receptor  42.2 
 
 		 409 aa  350  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0908104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6351  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  45.22 
 
 		 403 aa  349  6e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 		 408 aa  348  7e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0329  putative ABC transport protein substrate-binding component  45.34 
 
 		 405 aa  347  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  46.05 
 
 		 427 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  43.46 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0659  putative substrate-binding protein  48.43 
 
 		 412 aa  346  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  45.85 
 
 		 406 aa  346  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1850  putative ABC transporter, substrate binding protein  43.88 
 
 		 402 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3849  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  45.48 
 
 		 392 aa  343  4e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.375619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0275  putative ureA/short-chain amide ABC transporter  44.5 
 
 		 401 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.42 
 
 		 396 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  48.01 
 
 		 402 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.22 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>