More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0665 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  99.25 
 
 
400 aa  816    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  99.5 
 
 
400 aa  820    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
400 aa  824    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.57 
 
 
396 aa  553  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  58.62 
 
 
402 aa  502  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.01 
 
 
401 aa  501  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.49 
 
 
397 aa  498  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  59.01 
 
 
401 aa  498  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.65 
 
 
401 aa  497  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.46 
 
 
399 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  58.46 
 
 
399 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  58.42 
 
 
402 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  58.17 
 
 
407 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  58.17 
 
 
407 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  61.77 
 
 
401 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  60.11 
 
 
392 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.44 
 
 
403 aa  456  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.8 
 
 
401 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7652  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.05 
 
 
289 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.68 
 
 
451 aa  132  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  29.82 
 
 
391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
390 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
417 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  29.22 
 
 
410 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
408 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.98 
 
 
415 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.7 
 
 
438 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.14 
 
 
398 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.47 
 
 
396 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.2 
 
 
404 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
417 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  28.62 
 
 
450 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
404 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.7 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
445 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  28.48 
 
 
451 aa  113  5e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  27.34 
 
 
450 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  27.42 
 
 
452 aa  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  25.87 
 
 
450 aa  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.35 
 
 
399 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.04 
 
 
398 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.04 
 
 
398 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3789  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.79 
 
 
409 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.710609 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.04 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.04 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.03 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  28.31 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.04 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.63 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.43 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.69 
 
 
450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.63 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.63 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
415 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
404 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.63 
 
 
399 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.57 
 
 
407 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.91 
 
 
402 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
397 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
402 aa  109  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
397 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
432 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
402 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
415 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.17 
 
 
403 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
415 aa  107  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
406 aa  107  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.17 
 
 
402 aa  106  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
413 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  26.05 
 
 
448 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.69 
 
 
450 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26.5 
 
 
417 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2930  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.8 
 
 
411 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
411 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.2 
 
 
401 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
414 aa  103  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
408 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
402 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3783  ABC transporter substrate-binding protein  24.53 
 
 
405 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
407 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  25.92 
 
 
411 aa  102  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
410 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.71 
 
 
402 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2475  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.08 
 
 
405 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.28 
 
 
407 aa  100  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
402 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.74 
 
 
397 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.74 
 
 
400 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.63 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.25 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
398 aa  97.8  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>