More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1944 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  95.33 
 
 
450 aa  867    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  98.44 
 
 
450 aa  915    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
450 aa  929    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  90.22 
 
 
450 aa  855    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  97.56 
 
 
450 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  68.2 
 
 
451 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  67.88 
 
 
448 aa  629  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  66.06 
 
 
452 aa  613  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  39.1 
 
 
450 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  38.37 
 
 
451 aa  240  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  34.49 
 
 
438 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  34.45 
 
 
415 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  33.67 
 
 
416 aa  186  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
411 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.99 
 
 
415 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
415 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1749  ABC transporter substrate-binding protein  29.13 
 
 
442 aa  156  9e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239653  normal  0.31899 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1758  leucine-binding protein  28.31 
 
 
425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0284515  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
415 aa  152  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
415 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
413 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.05 
 
 
396 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.84 
 
 
403 aa  130  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.73 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  29.61 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.65 
 
 
401 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  28.88 
 
 
395 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
396 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
399 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
406 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.5 
 
 
401 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.55 
 
 
399 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
401 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5300  putative periplasmic substrate binding protein  29.55 
 
 
397 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  27.5 
 
 
401 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
406 aa  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
398 aa  120  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
402 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.16 
 
 
400 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.16 
 
 
400 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
408 aa  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4690  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4400  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  28.76 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.58 
 
 
400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
398 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
400 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.57 
 
 
400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3292  hypothetical protein  28.07 
 
 
400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.406168  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
384 aa  117  5e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.61 
 
 
400 aa  117  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.52 
 
 
407 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.57 
 
 
400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  28.2 
 
 
406 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.88 
 
 
417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.04 
 
 
410 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26.25 
 
 
417 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.64 
 
 
402 aa  114  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.94 
 
 
396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 
392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.63 
 
 
402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
402 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.17 
 
 
397 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
398 aa  109  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.1 
 
 
397 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  25.99 
 
 
401 aa  109  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
396 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
401 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
397 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.61 
 
 
402 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.92 
 
 
402 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  25.69 
 
 
411 aa  109  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.54 
 
 
407 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.54 
 
 
407 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.51 
 
 
401 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.34 
 
 
401 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
417 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.52 
 
 
413 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.13 
 
 
398 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.35 
 
 
401 aa  108  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.81 
 
 
404 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
415 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.06 
 
 
401 aa  106  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 
445 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.38 
 
 
399 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.38 
 
 
399 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
399 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.38 
 
 
399 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
397 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1578  ABC transporter substrate-binding protein  27.32 
 
 
402 aa  106  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
404 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2526  ABC transporter substrate-binding protein  27.62 
 
 
411 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.779779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
401 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
399 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.87 
 
 
398 aa  104  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.87 
 
 
398 aa  104  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>