More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0757 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
401 aa  812    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.57 
 
 
403 aa  584  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  69.23 
 
 
401 aa  571  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  68.81 
 
 
399 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  68.81 
 
 
399 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  70.08 
 
 
392 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.34 
 
 
401 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  66.67 
 
 
407 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  66.67 
 
 
407 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  66.17 
 
 
402 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  66.5 
 
 
402 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  65.93 
 
 
401 aa  553  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  68.7 
 
 
397 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  69.68 
 
 
401 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.36 
 
 
400 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.11 
 
 
400 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  55.11 
 
 
400 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.95 
 
 
396 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
415 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7652  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.77 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 
417 aa  137  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.21 
 
 
438 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
384 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
415 aa  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2811  twin-arginine translocation pathway signal  26.48 
 
 
450 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469763  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.57 
 
 
415 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  29.93 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  25.98 
 
 
451 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
411 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
390 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.59 
 
 
408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
417 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  26.28 
 
 
417 aa  117  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.33 
 
 
410 aa  116  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  31.05 
 
 
391 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  25.06 
 
 
411 aa  111  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 
397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
432 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
411 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
415 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
445 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
415 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
408 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.93 
 
 
402 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.03 
 
 
412 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
416 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.18 
 
 
402 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.43 
 
 
407 aa  103  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
402 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.65 
 
 
396 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
402 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  25.96 
 
 
413 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1944  twin-arginine translocation pathway signal  28.14 
 
 
450 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
405 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2759  twin-arginine translocation pathway signal  26.93 
 
 
450 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
410 aa  100  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3135  twin-arginine translocation pathway signal  26.46 
 
 
450 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0672684  normal  0.543619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  28.62 
 
 
395 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
411 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  26.42 
 
 
412 aa  97.8  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  25.51 
 
 
413 aa  97.8  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.24 
 
 
451 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
401 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
419 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
400 aa  97.1  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.44 
 
 
398 aa  96.3  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  25.93 
 
 
448 aa  96.3  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.72 
 
 
401 aa  96.3  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  26.8 
 
 
401 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
414 aa  95.9  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3830  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  26.06 
 
 
450 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
396 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.72 
 
 
401 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  25.65 
 
 
452 aa  94.7  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
400 aa  94.7  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.72 
 
 
401 aa  94.4  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.56 
 
 
400 aa  94  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3718  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  27.25 
 
 
450 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203284  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.65 
 
 
417 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
397 aa  93.6  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
402 aa  93.6  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.65 
 
 
400 aa  93.2  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  26.11 
 
 
404 aa  93.2  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.18 
 
 
410 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1717  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.63 
 
 
399 aa  92.8  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  25.51 
 
 
406 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.01 
 
 
401 aa  92.8  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.65 
 
 
400 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1402  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid- binding protein  26.46 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
398 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  25.19 
 
 
413 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
404 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  24.85 
 
 
407 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.81 
 
 
392 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
397 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>