More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0664 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  87.44 
 
 
406 aa  723    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  97.26 
 
 
402 aa  777    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
402 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  72.3 
 
 
411 aa  578  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  70.63 
 
 
395 aa  578  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  70.63 
 
 
395 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  72.3 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  70.26 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  64.63 
 
 
395 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  58.48 
 
 
398 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  59.41 
 
 
402 aa  458  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  57.18 
 
 
421 aa  451  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  55.7 
 
 
411 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  56.84 
 
 
405 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  54.2 
 
 
402 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  54.21 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  54.26 
 
 
406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 
415 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
408 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
396 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
396 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
437 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
415 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
395 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.29 
 
 
399 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
399 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 
397 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  27.27 
 
 
410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.99 
 
 
392 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  29.46 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  32.14 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  27.27 
 
 
402 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.59 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.2 
 
 
438 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
395 aa  111  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
445 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
415 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
415 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  26.61 
 
 
391 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
392 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
414 aa  109  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
419 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.75 
 
 
412 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
392 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
411 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
402 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
413 aa  107  5e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
411 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
441 aa  107  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  31.29 
 
 
392 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.12 
 
 
394 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.41 
 
 
376 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  30.31 
 
 
392 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
397 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 
378 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
382 aa  103  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
407 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  27.67 
 
 
419 aa  102  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
402 aa  102  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.79 
 
 
401 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
417 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.92 
 
 
451 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.02 
 
 
407 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3212  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 
396 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.978444  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.02 
 
 
407 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
392 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.71 
 
 
400 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
421 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
412 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
421 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.71 
 
 
400 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
399 aa  100  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.67 
 
 
463 aa  100  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
397 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
400 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.02 
 
 
402 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
432 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.71 
 
 
400 aa  99.8  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
401 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
382 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
417 aa  98.2  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
401 aa  97.4  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  28.27 
 
 
443 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.1 
 
 
401 aa  97.1  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  26.19 
 
 
418 aa  97.1  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.79 
 
 
420 aa  96.7  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
394 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
415 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.71 
 
 
422 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
395 aa  96.3  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
388 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
400 aa  96.3  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
388 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
405 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>