More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2341 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
405 aa  831    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  88.64 
 
 
411 aa  752    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  61.93 
 
 
395 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  62.23 
 
 
395 aa  476  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  60.31 
 
 
395 aa  476  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  57.91 
 
 
401 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  61.7 
 
 
421 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  54.94 
 
 
402 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  59.79 
 
 
401 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  57.25 
 
 
402 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  57.48 
 
 
411 aa  460  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  56.72 
 
 
398 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  58.49 
 
 
402 aa  451  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  55.05 
 
 
406 aa  448  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.14 
 
 
402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  52.22 
 
 
406 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  53.48 
 
 
406 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  35.22 
 
 
415 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
408 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
396 aa  129  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
396 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.03 
 
 
399 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
399 aa  123  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.12 
 
 
392 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
437 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 
402 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26 
 
 
397 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
384 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  26.29 
 
 
407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.29 
 
 
407 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  29.27 
 
 
410 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  26.29 
 
 
402 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
417 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
415 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.71 
 
 
401 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
415 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 
414 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.86 
 
 
401 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
411 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
401 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
411 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
417 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  24.87 
 
 
397 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
416 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.02 
 
 
422 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1581  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
401 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 
400 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.21 
 
 
415 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
411 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
445 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
432 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
413 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4994  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
400 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.539292  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.65 
 
 
401 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
378 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
395 aa  100  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.73 
 
 
405 aa  99.8  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  25.99 
 
 
405 aa  99  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
441 aa  99.4  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
415 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.44 
 
 
423 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
415 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
416 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
411 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
394 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  23.4 
 
 
391 aa  97.4  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.73 
 
 
405 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
412 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.73 
 
 
405 aa  96.7  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.73 
 
 
405 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
395 aa  96.7  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
405 aa  96.3  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
411 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  25.46 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.06 
 
 
412 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
412 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4272  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.17 
 
 
403 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844691  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.15 
 
 
417 aa  94.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  25.2 
 
 
405 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  25.2 
 
 
405 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
416 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.2 
 
 
395 aa  94.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
389 aa  94.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
394 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
418 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  27.74 
 
 
418 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
389 aa  93.2  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
411 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.48 
 
 
390 aa  92.8  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
407 aa  92.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.94 
 
 
397 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  26.06 
 
 
410 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>