More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2428 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  100 
 
 		 395 aa  796    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  69.82 
 
 		 398 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  69.95 
 
 		 402 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  65.17 
 
 		 401 aa  515  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  64.47 
 
 		 395 aa  511  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  64.16 
 
 		 395 aa  510  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  62.53 
 
 		 401 aa  510  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  63.06 
 
 		 411 aa  503  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.92 
 
 		 402 aa  501  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  65.16 
 
 		 402 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  61.93 
 
 		 406 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  61.93 
 
 		 405 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  57.72 
 
 		 411 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  60.56 
 
 		 421 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  56.59 
 
 		 402 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  53.55 
 
 		 406 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  54.07 
 
 		 406 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 		 415 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 		 408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 410 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 396 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 384 aa  113  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 441 aa  112  8.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 415 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  26.59 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 415 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 396 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.82 
 
 		 410 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 		 422 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 416 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.1 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 417 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 394 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.69 
 
 		 399 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0757  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.62 
 
 		 401 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 399 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  32.62 
 
 		 397 aa  99  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 411 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 		 414 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.51 
 
 		 391 aa  97.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 411 aa  96.7  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 445 aa  96.3  9e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.55 
 
 		 401 aa  96.3  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2566  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.14 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3458  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 401 aa  95.5  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.69 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5728  twin-arginine translocation pathway signal  25.57 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6092  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.57 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.299527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1826  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 416 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  26.68 
 
 		 417 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6575  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  25.57 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0967723  normal  0.0140332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 408 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6574  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0289492  hitchhiker  0.00954732 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 450 aa  93.6  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1752  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein  24.77 
 
 		 438 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225612  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.62 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 		 400 aa  92.8  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 400 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  26.61 
 
 		 418 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 432 aa  92.8  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 382 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.74 
 
 		 376 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4475  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.4 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00447507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 409 aa  91.3  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 404 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 376 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 392 aa  90.1  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 394 aa  89.7  8e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 395 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 399 aa  89  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  26.19 
 
 		 416 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 419 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.45 
 
 		 385 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  26.44 
 
 		 405 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 		 387 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.44 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  25 
 
 		 418 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 418 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 411 aa  87  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 		 395 aa  87.4  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 394 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.99 
 
 		 419 aa  87  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 		 411 aa  87  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>