More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3521 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  77.5 
 
 
405 aa  639    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
400 aa  812    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  77.5 
 
 
405 aa  638    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  85.68 
 
 
412 aa  705    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  73.93 
 
 
399 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  72.05 
 
 
394 aa  554  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  71.58 
 
 
406 aa  552  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  67.25 
 
 
404 aa  544  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  68.75 
 
 
402 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  66.25 
 
 
403 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  67.66 
 
 
392 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  54.67 
 
 
415 aa  414  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  53.08 
 
 
405 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  54.34 
 
 
410 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  54.08 
 
 
410 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  54.17 
 
 
410 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  48.98 
 
 
410 aa  350  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  47.92 
 
 
407 aa  332  7.000000000000001e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  46.34 
 
 
417 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  44.89 
 
 
416 aa  318  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
396 aa  308  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  41.85 
 
 
400 aa  305  7e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  43.01 
 
 
396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  43.51 
 
 
412 aa  300  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  38.8 
 
 
401 aa  226  8e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  35.6 
 
 
394 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  33.59 
 
 
396 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  33.59 
 
 
396 aa  209  8e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
396 aa  199  5e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  35.32 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 
395 aa  189  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 
390 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
400 aa  168  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 
379 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
379 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
380 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
381 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.4 
 
 
396 aa  154  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
380 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.67 
 
 
378 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
395 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
397 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
379 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
397 aa  149  7e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.4 
 
 
380 aa  149  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
383 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
397 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
399 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
374 aa  146  8.000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
381 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.83 
 
 
384 aa  144  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
384 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
384 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
384 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
384 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
379 aa  141  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
384 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.11 
 
 
376 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
382 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
384 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
393 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
382 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  32.84 
 
 
372 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.84 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.84 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
385 aa  136  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.84 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.84 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  32.84 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
396 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.25 
 
 
378 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.41 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
381 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
419 aa  132  9e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.53 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  31.86 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.86 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  31.86 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.86 
 
 
379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  31.86 
 
 
379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  31.86 
 
 
379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>