More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0680 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  83.93 
 
 		 393 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 399 aa  809    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  69.77 
 
 		 396 aa  522  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  64.04 
 
 		 381 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 		 381 aa  472  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 		 381 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  49.45 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  48.69 
 
 		 379 aa  364  2e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.66 
 
 		 380 aa  362  6e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 		 379 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  48.69 
 
 		 379 aa  360  2e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 		 380 aa  357  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.48 
 
 		 378 aa  353  4e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  45.74 
 
 		 379 aa  351  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  48.5 
 
 		 382 aa  344  1e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 		 379 aa  342  8e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 		 379 aa  340  2e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  47.89 
 
 		 379 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  48.88 
 
 		 383 aa  332  5e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 		 379 aa  331  2e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  43.88 
 
 		 385 aa  322  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 		 393 aa  309  5e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 		 389 aa  293  5e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  41.42 
 
 		 383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 		 392 aa  279  5e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 		 394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  38.92 
 
 		 394 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  36.94 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 		 396 aa  247  2e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  38.1 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  38.56 
 
 		 397 aa  236  5.0000000000000005e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  37.27 
 
 		 397 aa  228  1e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  38.21 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  36.51 
 
 		 383 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.7 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  36.64 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  38.48 
 
 		 382 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  35.1 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.85 
 
 		 388 aa  212  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 		 383 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  34.83 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  35.15 
 
 		 382 aa  206  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.16 
 
 		 385 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  34.97 
 
 		 382 aa  204  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.95 
 
 		 410 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  32.65 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.98 
 
 		 385 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 473 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 473 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.24 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 379 aa  193  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.98 
 
 		 385 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.98 
 
 		 385 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  35.5 
 
 		 385 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  32.44 
 
 		 379 aa  187  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.46 
 
 		 386 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 		 387 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 		 381 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  30.53 
 
 		 384 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 		 379 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.16 
 
 		 389 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.85 
 
 		 381 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 387 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.45 
 
 		 389 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 		 383 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 390 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.13 
 
 		 389 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 384 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 377 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 377 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 377 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 381 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 388 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 		 400 aa  146  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 412 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.88 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 397 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 399 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>