More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4096 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  773    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  71.77 
 
 
379 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  73.95 
 
 
382 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  71.59 
 
 
382 aa  567  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  74.24 
 
 
382 aa  564  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  73.02 
 
 
382 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  72.7 
 
 
383 aa  554  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  71.47 
 
 
388 aa  551  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  70.16 
 
 
383 aa  549  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  72.5 
 
 
382 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.92 
 
 
388 aa  547  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  71.94 
 
 
382 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  67.2 
 
 
385 aa  539  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  72.42 
 
 
385 aa  537  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  70 
 
 
382 aa  525  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  63.61 
 
 
411 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.9 
 
 
410 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  64.53 
 
 
386 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  63.64 
 
 
397 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  64.72 
 
 
381 aa  501  1e-141  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  64 
 
 
386 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  63.2 
 
 
385 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  63.2 
 
 
385 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  63.2 
 
 
385 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  62.67 
 
 
385 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  62.13 
 
 
385 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.73 
 
 
386 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.4 
 
 
385 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  64.15 
 
 
385 aa  487  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.56 
 
 
385 aa  474  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
473 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
473 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.92 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  59.15 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  60 
 
 
389 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.72 
 
 
389 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  58.56 
 
 
390 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  63.03 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  56.94 
 
 
389 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 
387 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  57.22 
 
 
382 aa  433  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  55.46 
 
 
379 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.65 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  53.81 
 
 
397 aa  401  9.999999999999999e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  53.35 
 
 
381 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  53.37 
 
 
389 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.37 
 
 
395 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  56.15 
 
 
397 aa  392  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.78 
 
 
385 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.68 
 
 
382 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  46.95 
 
 
383 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 
385 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  47.04 
 
 
383 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
385 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.93 
 
 
385 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.26 
 
 
394 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.26 
 
 
394 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.26 
 
 
391 aa  362  8e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  48.32 
 
 
377 aa  360  3e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  47.63 
 
 
381 aa  358  9.999999999999999e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  48.04 
 
 
377 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  46.56 
 
 
377 aa  356  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  48.91 
 
 
381 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.3 
 
 
380 aa  349  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
377 aa  348  6e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.44 
 
 
385 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  45.29 
 
 
387 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  46.28 
 
 
379 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 
377 aa  331  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.74 
 
 
381 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  45.87 
 
 
379 aa  328  9e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  44.99 
 
 
385 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  43.78 
 
 
388 aa  322  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.03 
 
 
388 aa  321  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 
385 aa  319  6e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  44.25 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  45.86 
 
 
381 aa  312  6.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.33 
 
 
384 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
384 aa  301  9e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.95 
 
 
378 aa  299  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  35.98 
 
 
379 aa  229  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  36.29 
 
 
392 aa  229  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 
394 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 
379 aa  222  7e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.65 
 
 
378 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 
379 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  34.05 
 
 
394 aa  219  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  34.91 
 
 
379 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.14 
 
 
380 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 
380 aa  216  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 
385 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  35.31 
 
 
381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  35.97 
 
 
382 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 
393 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 
379 aa  210  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>