More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1889 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  89.61 
 
 
385 aa  695    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  91.69 
 
 
385 aa  692    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
385 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  81.1 
 
 
381 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 
377 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  47.75 
 
 
377 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  47.95 
 
 
379 aa  355  5.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
383 aa  353  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  48.63 
 
 
377 aa  352  7e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  46.32 
 
 
377 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
380 aa  348  8e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.26 
 
 
381 aa  346  4e-94  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  44.89 
 
 
381 aa  344  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  45.31 
 
 
379 aa  338  8e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  45.15 
 
 
379 aa  338  9e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  45 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  45.15 
 
 
382 aa  335  5.999999999999999e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  45.51 
 
 
385 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  44.16 
 
 
386 aa  335  9e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  43.43 
 
 
385 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 
382 aa  333  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  43.6 
 
 
385 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  44.02 
 
 
388 aa  332  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 
383 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  43.87 
 
 
385 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  43.87 
 
 
385 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.7 
 
 
388 aa  331  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  43.87 
 
 
385 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  45.94 
 
 
382 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.28 
 
 
385 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.39 
 
 
382 aa  326  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  45.94 
 
 
382 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  43.7 
 
 
386 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  44.12 
 
 
385 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
389 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.43 
 
 
386 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.58 
 
 
385 aa  319  5e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  42.11 
 
 
382 aa  315  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
473 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
473 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
385 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
385 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
473 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
473 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.05 
 
 
473 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  40.36 
 
 
387 aa  309  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  42.44 
 
 
390 aa  309  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  43.98 
 
 
385 aa  309  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  44.44 
 
 
382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  41.76 
 
 
379 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.42 
 
 
389 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.82 
 
 
379 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.14 
 
 
389 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 
385 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.02 
 
 
389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  38.78 
 
 
388 aa  294  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.42 
 
 
395 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  40.95 
 
 
388 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  39.73 
 
 
397 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  40.67 
 
 
384 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  38.81 
 
 
384 aa  285  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  39.12 
 
 
411 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.49 
 
 
382 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  41.46 
 
 
377 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  39.66 
 
 
381 aa  279  7e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.45 
 
 
410 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.16 
 
 
389 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.64 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  38.61 
 
 
378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  41.01 
 
 
387 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  41.01 
 
 
387 aa  269  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 
381 aa  268  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  40.93 
 
 
385 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
385 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  37.47 
 
 
383 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.62 
 
 
385 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  38.8 
 
 
381 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  37.2 
 
 
383 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.62 
 
 
385 aa  262  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  39.56 
 
 
397 aa  262  6.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.34 
 
 
391 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.34 
 
 
394 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.34 
 
 
394 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.51 
 
 
397 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.57 
 
 
381 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
385 aa  168  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
380 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
379 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
383 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
379 aa  153  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
392 aa  153  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
393 aa  153  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
379 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
379 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.3 
 
 
380 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
379 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.31 
 
 
378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
380 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>