More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0515 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  97.61 
 
 		 377 aa  712    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 377 aa  759    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  54.52 
 
 		 377 aa  436  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  52.93 
 
 		 377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  53.58 
 
 		 380 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  50.8 
 
 		 379 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  51.3 
 
 		 385 aa  394  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  50.93 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  50.81 
 
 		 383 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.5 
 
 		 379 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  52.13 
 
 		 385 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  52.13 
 
 		 385 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  52.13 
 
 		 385 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  51.6 
 
 		 385 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.31 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  51.19 
 
 		 386 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  53.07 
 
 		 385 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 		 381 aa  383  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  51.06 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.08 
 
 		 382 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.87 
 
 		 385 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  51.94 
 
 		 382 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  51.8 
 
 		 388 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  50.56 
 
 		 383 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.39 
 
 		 385 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  50.69 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 		 473 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.69 
 
 		 388 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.66 
 
 		 386 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 		 473 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  48.34 
 
 		 385 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.39 
 
 		 385 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 		 473 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 		 473 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 		 382 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 		 390 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  48.61 
 
 		 382 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  49.22 
 
 		 389 aa  364  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  49.13 
 
 		 385 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  48.01 
 
 		 381 aa  362  8e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  45.62 
 
 		 379 aa  360  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  48.32 
 
 		 379 aa  360  3e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 		 381 aa  359  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  48.1 
 
 		 385 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  50.84 
 
 		 385 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  50.97 
 
 		 382 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.18 
 
 		 389 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.82 
 
 		 389 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.82 
 
 		 389 aa  350  3e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  49.44 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.5 
 
 		 395 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.06 
 
 		 389 aa  338  8e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  47.78 
 
 		 389 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.36 
 
 		 387 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.03 
 
 		 377 aa  332  8e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  44.2 
 
 		 411 aa  325  9e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  44.16 
 
 		 381 aa  322  5e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 		 383 aa  319  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  43.32 
 
 		 397 aa  318  7e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.85 
 
 		 410 aa  318  7e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 		 388 aa  315  7e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  42.26 
 
 		 383 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.2 
 
 		 382 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 		 388 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  46.88 
 
 		 385 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.34 
 
 		 385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.34 
 
 		 385 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 		 384 aa  306  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 		 387 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 		 387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 		 385 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 		 381 aa  302  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.56 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.56 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.56 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.22 
 
 		 379 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  40.99 
 
 		 384 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  43.32 
 
 		 381 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.13 
 
 		 378 aa  278  9e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  38.64 
 
 		 397 aa  266  4e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  39.66 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 		 392 aa  190  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 		 379 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 394 aa  176  8e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 394 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.19 
 
 		 378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 381 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 380 aa  166  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 		 393 aa  163  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 393 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 399 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.94 
 
 		 380 aa  159  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 382 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>