More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3525 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  91.62 
 
 
382 aa  728    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  84.08 
 
 
383 aa  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  98.43 
 
 
382 aa  770    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
382 aa  782    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  85.52 
 
 
382 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  76.06 
 
 
388 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  75 
 
 
388 aa  592  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  71.8 
 
 
385 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  71.8 
 
 
385 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  71.8 
 
 
385 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  70.65 
 
 
386 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.54 
 
 
385 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  71.02 
 
 
385 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  70.23 
 
 
385 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.23 
 
 
385 aa  551  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  71.86 
 
 
386 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  73.74 
 
 
382 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  72.14 
 
 
385 aa  548  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
473 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
385 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
385 aa  546  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
473 aa  547  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
473 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
473 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.45 
 
 
473 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  72.27 
 
 
379 aa  542  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.05 
 
 
386 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  69.27 
 
 
382 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  68.63 
 
 
383 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  68.46 
 
 
385 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  68.77 
 
 
385 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  62.57 
 
 
379 aa  505  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  62.17 
 
 
411 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.91 
 
 
410 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  64.25 
 
 
381 aa  483  1e-135  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  61.99 
 
 
397 aa  477  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  60.26 
 
 
390 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  62.57 
 
 
382 aa  467  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  58.71 
 
 
389 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.83 
 
 
389 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.71 
 
 
389 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  61.34 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.58 
 
 
389 aa  441  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  59.05 
 
 
387 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  58.77 
 
 
387 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  55.74 
 
 
382 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.21 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.24 
 
 
389 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  53.35 
 
 
389 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.21 
 
 
379 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  53.85 
 
 
397 aa  387  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  54.47 
 
 
397 aa  375  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.3 
 
 
385 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  52.92 
 
 
385 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 
377 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
377 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  52.96 
 
 
385 aa  365  1e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.47 
 
 
385 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  48.1 
 
 
381 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  51.19 
 
 
381 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  45.97 
 
 
383 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  46.23 
 
 
383 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 
394 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 
391 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 
394 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  46.6 
 
 
377 aa  358  7e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.92 
 
 
382 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  48.76 
 
 
381 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.56 
 
 
380 aa  353  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  48.4 
 
 
377 aa  346  4e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.55 
 
 
381 aa  341  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.91 
 
 
385 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
377 aa  321  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  45.64 
 
 
381 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 
385 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  45.51 
 
 
385 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  46.94 
 
 
381 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.98 
 
 
388 aa  312  6.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  45.29 
 
 
387 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 
379 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  45.43 
 
 
384 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.28 
 
 
384 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.16 
 
 
379 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  43.89 
 
 
388 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  42.18 
 
 
378 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 
392 aa  258  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
394 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  37.36 
 
 
389 aa  239  5e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  37.43 
 
 
378 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  35.45 
 
 
379 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  37.14 
 
 
379 aa  232  6e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 
394 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  37.96 
 
 
399 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  37.29 
 
 
379 aa  223  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  36.51 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 
379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  34.82 
 
 
379 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 
380 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  34.66 
 
 
379 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  36.6 
 
 
393 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>