More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2394 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  95.58 
 
 		 385 aa  679    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 385 aa  774    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  95.84 
 
 		 385 aa  682    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  85.04 
 
 		 395 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  95.84 
 
 		 391 aa  657    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  96.12 
 
 		 394 aa  657    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  98.44 
 
 		 385 aa  760    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  96.12 
 
 		 394 aa  657    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  81.72 
 
 		 389 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  81.16 
 
 		 389 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  63.99 
 
 		 390 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  68.25 
 
 		 389 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.97 
 
 		 389 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  65.74 
 
 		 389 aa  495  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  64.15 
 
 		 389 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  53.64 
 
 		 386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.64 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  51.33 
 
 		 386 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.69 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  53.22 
 
 		 382 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  54.08 
 
 		 385 aa  398  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  52.17 
 
 		 385 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 		 385 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 		 382 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  53.07 
 
 		 382 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 		 379 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 		 385 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.26 
 
 		 385 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  51.81 
 
 		 388 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 		 382 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 		 385 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  51.08 
 
 		 383 aa  388  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  51.9 
 
 		 385 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  51.93 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.43 
 
 		 385 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  51.44 
 
 		 385 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.97 
 
 		 388 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 473 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 385 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 473 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 473 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 385 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.89 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  51.37 
 
 		 385 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  50.7 
 
 		 382 aa  368  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  50.83 
 
 		 385 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 		 411 aa  363  3e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 		 382 aa  362  4e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.03 
 
 		 410 aa  359  6e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 		 381 aa  358  7e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 		 382 aa  350  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  50.84 
 
 		 387 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  50.84 
 
 		 387 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 		 397 aa  345  8e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  45.48 
 
 		 379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 		 377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 		 377 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 		 380 aa  323  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 		 377 aa  319  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  43.13 
 
 		 383 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  43.13 
 
 		 383 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.54 
 
 		 377 aa  302  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  43.75 
 
 		 397 aa  301  9e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  43.41 
 
 		 377 aa  301  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  45 
 
 		 397 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.05 
 
 		 382 aa  300  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.5 
 
 		 381 aa  299  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  41.41 
 
 		 381 aa  296  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  39.78 
 
 		 381 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  42.47 
 
 		 381 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  41.03 
 
 		 385 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  40.92 
 
 		 379 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  42.61 
 
 		 381 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  41.16 
 
 		 385 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  40.87 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  40.56 
 
 		 388 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  40.27 
 
 		 379 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 		 388 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 		 387 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  41.39 
 
 		 384 aa  252  6e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  39.83 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  36.59 
 
 		 384 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  36.59 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 		 392 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 389 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 394 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 394 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 393 aa  152  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 383 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 379 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.34 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 380 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 379 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>