More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0904 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
377 aa  756    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  59.57 
 
 
379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 
382 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  49.34 
 
 
379 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
383 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
389 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  50.55 
 
 
388 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.55 
 
 
388 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
379 aa  359  5e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  48.23 
 
 
390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  48.63 
 
 
381 aa  356  2.9999999999999997e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.85 
 
 
389 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  50.55 
 
 
382 aa  349  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.34 
 
 
389 aa  348  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  49.73 
 
 
379 aa  348  9e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.06 
 
 
389 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  48.07 
 
 
385 aa  347  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  50.41 
 
 
385 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  46.63 
 
 
382 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.95 
 
 
382 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  47.25 
 
 
382 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  46.42 
 
 
377 aa  338  9e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  47.12 
 
 
382 aa  333  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 
377 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 
377 aa  329  4e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
382 aa  328  9e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  47.79 
 
 
385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  46.37 
 
 
381 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  45.88 
 
 
382 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
385 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
385 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
385 aa  325  9e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  44.3 
 
 
385 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.82 
 
 
385 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 
383 aa  322  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
385 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.96 
 
 
388 aa  321  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  44.74 
 
 
411 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.56 
 
 
473 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.86 
 
 
410 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  46.39 
 
 
381 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  45.98 
 
 
385 aa  320  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  44.99 
 
 
385 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 
386 aa  319  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.3 
 
 
473 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.3 
 
 
473 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.3 
 
 
473 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  47.34 
 
 
379 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  44.44 
 
 
386 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  44.65 
 
 
377 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  45.4 
 
 
384 aa  312  4.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  44.15 
 
 
397 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.1 
 
 
389 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.12 
 
 
382 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 
387 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  44.82 
 
 
389 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.56 
 
 
395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.18 
 
 
383 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.02 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  43.53 
 
 
383 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  42.36 
 
 
380 aa  302  8.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 
388 aa  298  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  43.29 
 
 
381 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.99 
 
 
384 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.16 
 
 
381 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  43.65 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  44.11 
 
 
385 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  41.13 
 
 
385 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.11 
 
 
385 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  44.54 
 
 
385 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 
381 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.84 
 
 
385 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 
397 aa  278  1e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
391 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.14 
 
 
394 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.14 
 
 
394 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.16 
 
 
378 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  41.45 
 
 
385 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.87 
 
 
385 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  39.2 
 
 
397 aa  263  3e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  40.18 
 
 
381 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.63 
 
 
378 aa  179  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
394 aa  178  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
392 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
380 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
382 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 
379 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.68 
 
 
380 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
380 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
385 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
379 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
379 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
379 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
394 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
379 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>