More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4630 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 383 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  98.17 
 
 		 383 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  64.89 
 
 		 381 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  50.67 
 
 		 383 aa  396  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.86 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.78 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  46.37 
 
 		 386 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 		 379 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  47.98 
 
 		 385 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  48.75 
 
 		 382 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  47.98 
 
 		 385 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 		 385 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  47.98 
 
 		 385 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 473 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 385 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 473 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 473 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  47.91 
 
 		 385 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  48.04 
 
 		 381 aa  375  1e-103  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47 
 
 		 385 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  47.17 
 
 		 385 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 		 386 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47 
 
 		 382 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  47.38 
 
 		 385 aa  375  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.62 
 
 		 388 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.37 
 
 		 386 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 		 388 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  47.24 
 
 		 382 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 		 385 aa  364  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  47.37 
 
 		 382 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  47.21 
 
 		 382 aa  363  4e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  47.08 
 
 		 383 aa  363  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 		 382 aa  362  6e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 		 379 aa  362  9e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  48.36 
 
 		 385 aa  359  5e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  46.81 
 
 		 382 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.1 
 
 		 389 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.82 
 
 		 389 aa  342  7e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  43.97 
 
 		 411 aa  341  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.01 
 
 		 410 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.7 
 
 		 389 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  43.16 
 
 		 390 aa  332  8e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  41.51 
 
 		 389 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  44.53 
 
 		 379 aa  324  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.63 
 
 		 382 aa  323  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 		 381 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  43.54 
 
 		 389 aa  320  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.26 
 
 		 389 aa  319  6e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  41.91 
 
 		 397 aa  318  7e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.54 
 
 		 395 aa  315  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  43.09 
 
 		 381 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  43.85 
 
 		 387 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 		 387 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  41.9 
 
 		 377 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 		 377 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  43.37 
 
 		 377 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  43.37 
 
 		 385 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.18 
 
 		 385 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  39.53 
 
 		 377 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  40.41 
 
 		 381 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  42.98 
 
 		 385 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.34 
 
 		 385 aa  287  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  39.26 
 
 		 380 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.98 
 
 		 391 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.98 
 
 		 394 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.98 
 
 		 394 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 		 379 aa  278  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 		 377 aa  269  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  40.33 
 
 		 388 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.72 
 
 		 397 aa  266  5e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  38.32 
 
 		 397 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  37.2 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  40.44 
 
 		 381 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  38.59 
 
 		 388 aa  258  9e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  38.95 
 
 		 385 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  38.95 
 
 		 381 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  36.22 
 
 		 387 aa  257  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.53 
 
 		 384 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  36.2 
 
 		 379 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.24 
 
 		 385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  39.23 
 
 		 384 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.11 
 
 		 378 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.31 
 
 		 378 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 		 379 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 394 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 		 393 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 385 aa  176  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 379 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 392 aa  171  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 379 aa  169  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 394 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 		 379 aa  166  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 381 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 381 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>