More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3910 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
388 aa  795    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  95.88 
 
 
388 aa  771    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  78.06 
 
 
382 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  79.11 
 
 
382 aa  597  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  78.06 
 
 
382 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  74.2 
 
 
382 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  71.91 
 
 
386 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  75.49 
 
 
383 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  73.11 
 
 
385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  72.85 
 
 
385 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  73.11 
 
 
385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  73.11 
 
 
385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  72.58 
 
 
385 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  72.06 
 
 
385 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  74.72 
 
 
385 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.76 
 
 
385 aa  565  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  70.1 
 
 
386 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
385 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
385 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
473 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
473 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
473 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
473 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.33 
 
 
386 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.71 
 
 
473 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  73.67 
 
 
382 aa  551  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  72.42 
 
 
379 aa  547  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  69.47 
 
 
382 aa  539  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  68.04 
 
 
385 aa  529  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  65.44 
 
 
383 aa  525  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  66.4 
 
 
379 aa  520  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  68.51 
 
 
385 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  62.57 
 
 
411 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.27 
 
 
410 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  66.2 
 
 
382 aa  486  1e-136  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  63.84 
 
 
397 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  63.13 
 
 
381 aa  478  1e-134  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  59.35 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 
387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  60.11 
 
 
390 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  61.9 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.17 
 
 
389 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  59.05 
 
 
387 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.06 
 
 
389 aa  442  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  57.62 
 
 
382 aa  442  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  57.06 
 
 
389 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  54.81 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  56.03 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.93 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  53.37 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.65 
 
 
389 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  55.14 
 
 
381 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  55.68 
 
 
397 aa  388  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.04 
 
 
382 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  49.74 
 
 
381 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  51.68 
 
 
377 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  47.62 
 
 
383 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 
377 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  48.15 
 
 
383 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.53 
 
 
391 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.65 
 
 
385 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.53 
 
 
394 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.53 
 
 
394 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  51.81 
 
 
385 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.25 
 
 
380 aa  363  3e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.37 
 
 
385 aa  363  4e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  46.03 
 
 
377 aa  362  8e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  51.69 
 
 
385 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  50.28 
 
 
377 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  48.63 
 
 
381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  47.8 
 
 
377 aa  349  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.24 
 
 
381 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  47.14 
 
 
379 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.02 
 
 
385 aa  332  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  48.2 
 
 
381 aa  327  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  44.77 
 
 
381 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  44.93 
 
 
385 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  44.35 
 
 
385 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 
387 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.86 
 
 
388 aa  314  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.04 
 
 
384 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  45.03 
 
 
384 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.38 
 
 
379 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
388 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  42.18 
 
 
378 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  40.06 
 
 
392 aa  256  4e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  36.61 
 
 
389 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  36.13 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  37.81 
 
 
379 aa  229  8e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 
394 aa  222  7e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  36.91 
 
 
378 aa  222  9e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
394 aa  222  9e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
385 aa  219  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  35.46 
 
 
381 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  35.97 
 
 
379 aa  216  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  36.01 
 
 
379 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  35.1 
 
 
399 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  36.03 
 
 
382 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  35.42 
 
 
379 aa  212  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>