More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1520 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 381 aa  775    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  71.58 
 
 		 381 aa  551  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 		 399 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  56.04 
 
 		 393 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  53.8 
 
 		 396 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  51.57 
 
 		 381 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 		 379 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  48.42 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  46.32 
 
 		 380 aa  360  2e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 		 380 aa  353  2e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.01 
 
 		 380 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.88 
 
 		 378 aa  342  7e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  44.21 
 
 		 379 aa  338  7e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  46.37 
 
 		 382 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  45.04 
 
 		 379 aa  335  9e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  44.76 
 
 		 379 aa  325  5e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  44.1 
 
 		 379 aa  322  5e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  41.45 
 
 		 385 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  43.82 
 
 		 379 aa  316  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  39.57 
 
 		 379 aa  298  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 		 383 aa  296  5e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  41.62 
 
 		 393 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  41.5 
 
 		 392 aa  289  7e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 		 394 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  38.9 
 
 		 394 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  38.78 
 
 		 389 aa  276  5e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 		 381 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  39.84 
 
 		 396 aa  269  5e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  36.48 
 
 		 383 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 		 405 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  40.2 
 
 		 397 aa  248  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.92 
 
 		 397 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 		 385 aa  226  6e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  37.66 
 
 		 383 aa  223  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.38 
 
 		 385 aa  222  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  35.89 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  36.26 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  36.74 
 
 		 382 aa  216  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 		 385 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  35.82 
 
 		 388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  35.81 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.31 
 
 		 388 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  34.36 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 		 382 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 		 382 aa  209  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 		 386 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.71 
 
 		 382 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  35.16 
 
 		 385 aa  206  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.08 
 
 		 382 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 		 382 aa  203  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.69 
 
 		 385 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  35.34 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  35.16 
 
 		 379 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 473 aa  199  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 473 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 473 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 473 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 473 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  34.24 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 		 386 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  35.25 
 
 		 397 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  35.64 
 
 		 385 aa  192  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.44 
 
 		 410 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 		 382 aa  189  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 		 411 aa  189  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.79 
 
 		 386 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 381 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 		 379 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 		 387 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 		 387 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  30.67 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.02 
 
 		 389 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.02 
 
 		 389 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 383 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.15 
 
 		 381 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 381 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  31.77 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.29 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.36 
 
 		 389 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  29.34 
 
 		 384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 385 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 		 412 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 379 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>