More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3250 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
378 aa  759    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  57.38 
 
 
387 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  57.49 
 
 
388 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  56.51 
 
 
388 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  54.85 
 
 
384 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  54.1 
 
 
384 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  51.94 
 
 
381 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
382 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  41.25 
 
 
383 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  43.13 
 
 
385 aa  297  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
379 aa  296  3e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  44.44 
 
 
381 aa  296  4e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  41.99 
 
 
379 aa  292  5e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  43.05 
 
 
385 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  42.06 
 
 
385 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
386 aa  289  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.51 
 
 
385 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  42.11 
 
 
386 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.4 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 
385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 
385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 
385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 
385 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  42.38 
 
 
382 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  42.03 
 
 
385 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 
388 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  39.83 
 
 
382 aa  280  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.11 
 
 
388 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.29 
 
 
386 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  42.38 
 
 
382 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  41.44 
 
 
383 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.76 
 
 
385 aa  276  4e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  38.61 
 
 
385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.92 
 
 
385 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
385 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
473 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
385 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
473 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
473 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
473 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.43 
 
 
473 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
379 aa  268  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  40.9 
 
 
377 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  38.22 
 
 
389 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  38.24 
 
 
377 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  39.89 
 
 
379 aa  266  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  40.9 
 
 
377 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.77 
 
 
385 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  41.03 
 
 
381 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  40.17 
 
 
377 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
379 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  40.39 
 
 
377 aa  259  7e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  42.06 
 
 
385 aa  258  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
390 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.57 
 
 
389 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  37.8 
 
 
411 aa  256  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.29 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.52 
 
 
410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.95 
 
 
382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.29 
 
 
389 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  38.52 
 
 
397 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  38.78 
 
 
381 aa  249  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  38.16 
 
 
382 aa  248  9e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  40.33 
 
 
387 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  36.68 
 
 
380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  40.06 
 
 
387 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 
383 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  37.11 
 
 
383 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  36.57 
 
 
382 aa  232  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
397 aa  227  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  37.68 
 
 
397 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.12 
 
 
395 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  35.4 
 
 
381 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  36.57 
 
 
389 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.29 
 
 
389 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  37.03 
 
 
385 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  35.75 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.95 
 
 
385 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.95 
 
 
385 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  36.29 
 
 
385 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.46 
 
 
391 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.46 
 
 
394 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.46 
 
 
394 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.22 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
392 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.65 
 
 
378 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
393 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
394 aa  133  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
379 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
393 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
381 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
394 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>