More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3257 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  100 
 
 
384 aa  768    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  55.8 
 
 
388 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  54.14 
 
 
384 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  53.91 
 
 
387 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 
381 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  52.3 
 
 
388 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  54.1 
 
 
378 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  42.71 
 
 
379 aa  315  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  44.23 
 
 
382 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  42.19 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  42.04 
 
 
388 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.99 
 
 
388 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  42.27 
 
 
379 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  42.66 
 
 
383 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  42.22 
 
 
382 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 
382 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 
386 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  41.76 
 
 
382 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  42.42 
 
 
382 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  41.87 
 
 
382 aa  295  7e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
385 aa  293  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.46 
 
 
382 aa  292  7e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.29 
 
 
385 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  39.79 
 
 
389 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  41.25 
 
 
386 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.51 
 
 
386 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  41.55 
 
 
385 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  41.83 
 
 
377 aa  290  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  40.66 
 
 
383 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  40.59 
 
 
390 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.71 
 
 
385 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  41.03 
 
 
385 aa  289  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.71 
 
 
385 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 
385 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.71 
 
 
473 aa  288  8e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
385 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.9 
 
 
385 aa  288  8e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.71 
 
 
473 aa  288  8e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
385 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
385 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  39.9 
 
 
385 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.83 
 
 
389 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.45 
 
 
473 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.97 
 
 
385 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.45 
 
 
473 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.45 
 
 
473 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.56 
 
 
389 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  38.81 
 
 
385 aa  285  7e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  40.69 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  42.19 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.56 
 
 
389 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  40.72 
 
 
377 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  40.44 
 
 
377 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  39.35 
 
 
379 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 
382 aa  276  5e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  41.3 
 
 
379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  40.75 
 
 
381 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  40.48 
 
 
381 aa  272  6e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 
411 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.05 
 
 
410 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 
377 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  38.06 
 
 
383 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  41.44 
 
 
387 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  39.36 
 
 
397 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.84 
 
 
382 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 
383 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  41.16 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  37.36 
 
 
377 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  36 
 
 
380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  37.23 
 
 
397 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  35.68 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  36.76 
 
 
381 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.19 
 
 
389 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.19 
 
 
395 aa  230  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  36.91 
 
 
389 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.31 
 
 
381 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  37.08 
 
 
397 aa  225  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  36.78 
 
 
385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.61 
 
 
385 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.64 
 
 
391 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.64 
 
 
394 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.64 
 
 
394 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
385 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.34 
 
 
385 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
392 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
385 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
393 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
379 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
381 aa  162  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.48 
 
 
378 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
394 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
396 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
379 aa  156  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
379 aa  152  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>