More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0269 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
377 aa  765    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  81.7 
 
 
377 aa  648    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  73.67 
 
 
380 aa  579  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  53.67 
 
 
377 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
377 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 
379 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  47.91 
 
 
383 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  47.78 
 
 
385 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  47.33 
 
 
388 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  48.89 
 
 
382 aa  362  6e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  46.54 
 
 
382 aa  359  4e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 
385 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 
385 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  46.48 
 
 
385 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  49.45 
 
 
389 aa  359  5e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  46.86 
 
 
385 aa  358  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  48.2 
 
 
382 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.99 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  47.63 
 
 
383 aa  355  7.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.95 
 
 
385 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 
385 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
385 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
385 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  45.84 
 
 
379 aa  351  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  47.65 
 
 
382 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  45.31 
 
 
386 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  47.08 
 
 
382 aa  348  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
381 aa  346  3e-94  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
390 aa  343  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  44.53 
 
 
386 aa  342  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 
382 aa  340  2e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 
379 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.41 
 
 
381 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.8 
 
 
385 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.63 
 
 
389 aa  334  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.27 
 
 
386 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  46.78 
 
 
385 aa  332  6e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.1 
 
 
389 aa  332  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  45.35 
 
 
389 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
473 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
473 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
473 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
385 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
473 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
473 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
385 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44 
 
 
385 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  46.56 
 
 
385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  45.75 
 
 
385 aa  326  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 
379 aa  325  6e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  44.38 
 
 
382 aa  323  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  47.65 
 
 
381 aa  323  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.65 
 
 
377 aa  315  6e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.6 
 
 
382 aa  309  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  43.85 
 
 
382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  40.91 
 
 
397 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  43.56 
 
 
379 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.19 
 
 
389 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.54 
 
 
395 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.98 
 
 
389 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  39.08 
 
 
411 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  42.18 
 
 
387 aa  292  8e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.89 
 
 
410 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  41.9 
 
 
387 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  39.68 
 
 
387 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 
388 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  41.42 
 
 
381 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  39.27 
 
 
383 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  43.41 
 
 
385 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.86 
 
 
385 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.13 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  41.34 
 
 
384 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  40.62 
 
 
381 aa  282  6.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  38.12 
 
 
383 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
394 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
391 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  37.81 
 
 
388 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.7 
 
 
394 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
381 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  39.3 
 
 
378 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.63 
 
 
381 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.65 
 
 
397 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  39.78 
 
 
397 aa  262  8e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.06 
 
 
384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
392 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
385 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
379 aa  156  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
394 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
394 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
380 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
381 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.12 
 
 
378 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
380 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
379 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
379 aa  143  6e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>