More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1501 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
381 aa  763    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  72.78 
 
 
388 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  67.22 
 
 
384 aa  508  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  62.83 
 
 
387 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  57.99 
 
 
388 aa  457  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.48 
 
 
384 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  51.99 
 
 
378 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  45.38 
 
 
379 aa  330  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  46.91 
 
 
388 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  45.6 
 
 
383 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  46.98 
 
 
382 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  48.62 
 
 
382 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.36 
 
 
388 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  47.25 
 
 
383 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  47.79 
 
 
382 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  46.39 
 
 
377 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  46.13 
 
 
382 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.37 
 
 
382 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  46.96 
 
 
382 aa  316  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.49 
 
 
385 aa  316  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
385 aa  315  9e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  46.89 
 
 
385 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  47.5 
 
 
385 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.13 
 
 
381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  45.86 
 
 
379 aa  313  4.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  46.89 
 
 
385 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  46.89 
 
 
385 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  46.89 
 
 
385 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.23 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  46.01 
 
 
386 aa  309  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  43.95 
 
 
379 aa  308  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 
377 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.68 
 
 
473 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.68 
 
 
473 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
385 aa  302  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.68 
 
 
473 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  45.16 
 
 
386 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  42.52 
 
 
379 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.62 
 
 
381 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  42.27 
 
 
379 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 
377 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.42 
 
 
473 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.42 
 
 
473 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.42 
 
 
385 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.42 
 
 
385 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
382 aa  299  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  46.17 
 
 
385 aa  299  7e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
385 aa  298  7e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  41.27 
 
 
377 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.15 
 
 
382 aa  292  8e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 
411 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.03 
 
 
386 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  41.19 
 
 
389 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.11 
 
 
410 aa  285  8e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  41.32 
 
 
382 aa  281  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.39 
 
 
389 aa  279  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  41.62 
 
 
385 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  40.15 
 
 
390 aa  278  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.11 
 
 
389 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 
385 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 
377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  40.78 
 
 
383 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  41.09 
 
 
397 aa  269  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  40.52 
 
 
383 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  41.56 
 
 
397 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  37.6 
 
 
380 aa  265  8e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  42.94 
 
 
387 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  42.66 
 
 
387 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  39.08 
 
 
381 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  40.35 
 
 
381 aa  253  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  42.65 
 
 
397 aa  247  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.57 
 
 
381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  36.64 
 
 
381 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39 
 
 
395 aa  240  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.44 
 
 
389 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.88 
 
 
389 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  40.38 
 
 
385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  40.28 
 
 
385 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.44 
 
 
385 aa  223  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.17 
 
 
385 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.17 
 
 
394 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.17 
 
 
391 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.17 
 
 
394 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  32.5 
 
 
385 aa  179  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
379 aa  178  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.61 
 
 
378 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
379 aa  169  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 
382 aa  166  5e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
393 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
379 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
379 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
379 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
379 aa  156  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
381 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
399 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
392 aa  152  7e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
381 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>