More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4797 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 381 aa  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  63.54 
 
 		 393 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  63.89 
 
 		 399 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  66.1 
 
 		 396 aa  484  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  59.16 
 
 		 381 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  51.31 
 
 		 381 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  48.18 
 
 		 382 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  47.59 
 
 		 379 aa  354  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  46.72 
 
 		 379 aa  345  7e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  46.13 
 
 		 379 aa  343  4e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  48.31 
 
 		 379 aa  342  7e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.2 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  46.23 
 
 		 383 aa  336  5e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 		 379 aa  330  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  45.55 
 
 		 379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  45.87 
 
 		 379 aa  326  5e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  45 
 
 		 380 aa  324  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.44 
 
 		 380 aa  322  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  46.91 
 
 		 380 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  46.35 
 
 		 379 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  42.55 
 
 		 385 aa  308  8e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  41.99 
 
 		 393 aa  289  5.0000000000000004e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  40.17 
 
 		 389 aa  268  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.22 
 
 		 392 aa  266  2.9999999999999995e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 		 383 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  36.31 
 
 		 394 aa  256  5e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  36.69 
 
 		 394 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  37.71 
 
 		 381 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  35.39 
 
 		 405 aa  225  8e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  37.11 
 
 		 397 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.12 
 
 		 397 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  37.02 
 
 		 385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.48 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  36.14 
 
 		 381 aa  216  5.9999999999999996e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 		 382 aa  216  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  35.25 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  35.42 
 
 		 382 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 		 383 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 383 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  33.97 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  34.97 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.77 
 
 		 388 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  33.93 
 
 		 388 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  34.51 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  34.86 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.78 
 
 		 386 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.25 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  34.03 
 
 		 385 aa  199  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  34.13 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 		 382 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  33.77 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  33.77 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.77 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.18 
 
 		 385 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 		 385 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 473 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 385 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.67 
 
 		 385 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  34.22 
 
 		 381 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  35.04 
 
 		 411 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.69 
 
 		 410 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 		 385 aa  188  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  34.69 
 
 		 397 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 		 382 aa  182  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 		 379 aa  182  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  33.84 
 
 		 381 aa  179  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 		 387 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 387 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  32.06 
 
 		 383 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.72 
 
 		 382 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  30.71 
 
 		 384 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.95 
 
 		 381 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.78 
 
 		 389 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 		 381 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 		 387 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 		 377 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 389 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  30.49 
 
 		 389 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.22 
 
 		 389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 		 379 aa  152  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.69 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.14 
 
 		 389 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 385 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 		 398 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 		 384 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 		 382 aa  143  5e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.43 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 		 388 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>