More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3329 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 382 aa  781    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  91.62 
 
 		 382 aa  709    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  92.41 
 
 		 382 aa  715    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  84.68 
 
 		 382 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  81.28 
 
 		 383 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  74.2 
 
 		 388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  74.2 
 
 		 388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  71.86 
 
 		 386 aa  554  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  73.39 
 
 		 379 aa  551  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 		 385 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 		 385 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  69.71 
 
 		 385 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  68.67 
 
 		 385 aa  548  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  68.41 
 
 		 385 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  73.46 
 
 		 382 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  68.67 
 
 		 385 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  70.67 
 
 		 382 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  70.22 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  70.19 
 
 		 385 aa  537  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 385 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 473 aa  532  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 385 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.89 
 
 		 385 aa  534  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 473 aa  532  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  69.95 
 
 		 386 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 473 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 473 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  67.62 
 
 		 473 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  67.37 
 
 		 383 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  67.12 
 
 		 385 aa  518  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  70.64 
 
 		 385 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  63.37 
 
 		 379 aa  511  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  64.53 
 
 		 381 aa  483  1e-135  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  61.78 
 
 		 411 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  64.53 
 
 		 382 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.71 
 
 		 410 aa  477  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  61.38 
 
 		 397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  60.53 
 
 		 390 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  61.24 
 
 		 389 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  63.03 
 
 		 385 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 		 389 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.27 
 
 		 389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.83 
 
 		 389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  59.61 
 
 		 387 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 		 387 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  55.46 
 
 		 382 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.85 
 
 		 395 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.97 
 
 		 379 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.08 
 
 		 389 aa  398  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  53.8 
 
 		 389 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  55.38 
 
 		 397 aa  386  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  55.87 
 
 		 397 aa  379  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  51.25 
 
 		 377 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  47 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  51.11 
 
 		 377 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  47.26 
 
 		 383 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.59 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  52.79 
 
 		 381 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  52.76 
 
 		 385 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  53.24 
 
 		 385 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  48.91 
 
 		 381 aa  363  4e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.04 
 
 		 385 aa  363  4e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.14 
 
 		 382 aa  360  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.39 
 
 		 391 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.39 
 
 		 394 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.39 
 
 		 394 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.43 
 
 		 381 aa  355  6.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  45.5 
 
 		 377 aa  349  5e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  46.03 
 
 		 380 aa  346  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  47.93 
 
 		 381 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 		 377 aa  339  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  46.81 
 
 		 377 aa  329  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 		 385 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  47.5 
 
 		 381 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  45.22 
 
 		 381 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  45.64 
 
 		 385 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 		 385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 		 387 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.98 
 
 		 388 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 		 379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  45.43 
 
 		 384 aa  300  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  42.94 
 
 		 379 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  42.66 
 
 		 388 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.46 
 
 		 384 aa  292  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  42.4 
 
 		 378 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 		 392 aa  256  5e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  37.57 
 
 		 394 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  38.46 
 
 		 389 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  37.57 
 
 		 378 aa  236  4e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 		 379 aa  234  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  35.19 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  37.33 
 
 		 394 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  37.29 
 
 		 379 aa  225  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  36.16 
 
 		 379 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  36.74 
 
 		 393 aa  219  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  34.55 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  36.65 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  36.57 
 
 		 385 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  35.48 
 
 		 381 aa  216  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>