More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2820 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  82.34 
 
 
390 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
389 aa  790    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  76.68 
 
 
389 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  75.65 
 
 
389 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  77.75 
 
 
389 aa  596  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.22 
 
 
389 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  66.94 
 
 
389 aa  501  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.39 
 
 
395 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  59.35 
 
 
388 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  59.72 
 
 
382 aa  461  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  60.72 
 
 
382 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  60.11 
 
 
379 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.22 
 
 
385 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  60.45 
 
 
382 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.54 
 
 
388 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  61.39 
 
 
382 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.03 
 
 
385 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  64.59 
 
 
385 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  60.72 
 
 
383 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  56.35 
 
 
379 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  55.32 
 
 
385 aa  451  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  58.42 
 
 
383 aa  452  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.84 
 
 
382 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.28 
 
 
391 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  65 
 
 
385 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.28 
 
 
394 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.28 
 
 
394 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 
386 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.1 
 
 
385 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  57.3 
 
 
381 aa  428  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 
385 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 
385 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  57.1 
 
 
385 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
385 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  55.21 
 
 
382 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  54.29 
 
 
385 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  57.14 
 
 
385 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  55.41 
 
 
386 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.43 
 
 
386 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
385 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
411 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
473 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
385 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
473 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
473 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.62 
 
 
385 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
473 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.42 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.46 
 
 
473 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  52.62 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 
382 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  54.6 
 
 
382 aa  398  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  54.27 
 
 
385 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  52.08 
 
 
387 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  51.8 
 
 
387 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  48.56 
 
 
377 aa  364  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  46.74 
 
 
379 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
377 aa  362  9e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  49.17 
 
 
380 aa  358  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
377 aa  354  1e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  48.91 
 
 
377 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
377 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  47.77 
 
 
397 aa  340  2.9999999999999998e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  46.13 
 
 
381 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.87 
 
 
381 aa  332  9e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  45.16 
 
 
379 aa  330  3e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  41.78 
 
 
383 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  41.51 
 
 
383 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.41 
 
 
382 aa  328  7e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  46.41 
 
 
397 aa  323  2e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
385 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  43.19 
 
 
379 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  43.8 
 
 
381 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  44.8 
 
 
385 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 
385 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  44.22 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.66 
 
 
381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 
388 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  39.79 
 
 
384 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  42.38 
 
 
384 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  42.33 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 
381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  41.4 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  38.22 
 
 
378 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  34.16 
 
 
392 aa  211  2e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
389 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.54 
 
 
379 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
385 aa  189  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
379 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
380 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.23 
 
 
378 aa  189  9e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.44 
 
 
380 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 
383 aa  186  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
394 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
382 aa  182  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
379 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
380 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
393 aa  179  4.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>