More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1230 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 382 aa  776    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  78.85 
 
 		 385 aa  618  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  75.98 
 
 		 383 aa  607  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  80.61 
 
 		 385 aa  600  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  73.95 
 
 		 379 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  73.31 
 
 		 382 aa  558  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  72.53 
 
 		 388 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  72.04 
 
 		 382 aa  553  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  69.68 
 
 		 379 aa  553  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  72.85 
 
 		 382 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.47 
 
 		 388 aa  551  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  73.41 
 
 		 382 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  71.51 
 
 		 383 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  72.5 
 
 		 382 aa  549  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  69.47 
 
 		 381 aa  529  1e-149  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 		 386 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  66.22 
 
 		 386 aa  509  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  65.62 
 
 		 385 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  68.82 
 
 		 382 aa  505  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  65.78 
 
 		 386 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  65.62 
 
 		 385 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  65.09 
 
 		 385 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  65.62 
 
 		 385 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.57 
 
 		 385 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  64.57 
 
 		 385 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.57 
 
 		 473 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.57 
 
 		 385 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.3 
 
 		 473 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.3 
 
 		 385 aa  498  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.57 
 
 		 385 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.57 
 
 		 473 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.3 
 
 		 473 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  64.3 
 
 		 473 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  67.04 
 
 		 385 aa  497  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  62.5 
 
 		 411 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.64 
 
 		 410 aa  487  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  64.61 
 
 		 385 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  60.21 
 
 		 397 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  57.22 
 
 		 389 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  60.17 
 
 		 389 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.33 
 
 		 389 aa  454  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  57.33 
 
 		 390 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.22 
 
 		 389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  57.58 
 
 		 382 aa  442  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  58.99 
 
 		 387 aa  434  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  58.43 
 
 		 387 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  55.08 
 
 		 379 aa  416  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.19 
 
 		 395 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  53.35 
 
 		 389 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.63 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 		 377 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 		 377 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  48.92 
 
 		 383 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  55.31 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  53.72 
 
 		 397 aa  387  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  48.39 
 
 		 383 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  52.89 
 
 		 381 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  53.04 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.41 
 
 		 385 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.86 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  53.31 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  48.18 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  48.1 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  49.32 
 
 		 381 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  53.07 
 
 		 385 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.51 
 
 		 391 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.62 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.51 
 
 		 394 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.51 
 
 		 394 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  47.11 
 
 		 381 aa  359  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  48.34 
 
 		 381 aa  358  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 		 379 aa  354  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 		 377 aa  341  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 		 385 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  48.63 
 
 		 388 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  46.98 
 
 		 381 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  45.67 
 
 		 387 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.03 
 
 		 384 aa  319  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  45.68 
 
 		 385 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 		 385 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  43.97 
 
 		 388 aa  311  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  45.33 
 
 		 384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  44.83 
 
 		 381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  44.44 
 
 		 378 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 		 379 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  38.44 
 
 		 392 aa  252  7e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  36.87 
 
 		 379 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 		 394 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  36.77 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  36.6 
 
 		 379 aa  226  8e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  36.34 
 
 		 381 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.75 
 
 		 380 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  36.34 
 
 		 381 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  35.19 
 
 		 379 aa  218  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 		 394 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 		 379 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  34.55 
 
 		 379 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  34.14 
 
 		 380 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  33.8 
 
 		 389 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>