More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0968 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
389 aa  793    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  90.03 
 
 
395 aa  677    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  97.69 
 
 
389 aa  755    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  81.08 
 
 
385 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  80.81 
 
 
385 aa  594  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  80.81 
 
 
385 aa  590  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  82.55 
 
 
391 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  82.55 
 
 
394 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  82.55 
 
 
394 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  81.16 
 
 
385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  67.99 
 
 
390 aa  522  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  64.58 
 
 
389 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.97 
 
 
389 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.69 
 
 
389 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  65.74 
 
 
389 aa  502  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  52.41 
 
 
386 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  51.84 
 
 
386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  52.72 
 
 
379 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  53.48 
 
 
388 aa  401  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.93 
 
 
386 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.57 
 
 
382 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  53.33 
 
 
383 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.31 
 
 
388 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  53.37 
 
 
379 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  52.49 
 
 
383 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.8 
 
 
385 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  52.66 
 
 
382 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  53.33 
 
 
382 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  52.79 
 
 
382 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  51.07 
 
 
385 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  53.35 
 
 
382 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.87 
 
 
385 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  52.32 
 
 
385 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  51.07 
 
 
385 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  50.8 
 
 
385 aa  395  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  52.68 
 
 
385 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  51.07 
 
 
385 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  50.54 
 
 
385 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
385 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
473 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
473 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
473 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
385 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
473 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.07 
 
 
473 aa  385  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  51.55 
 
 
382 aa  378  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 
381 aa  377  1e-103  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  52.37 
 
 
385 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.52 
 
 
410 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
411 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  52.91 
 
 
382 aa  373  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  49.48 
 
 
397 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
385 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
382 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 
387 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  51.12 
 
 
387 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
379 aa  342  5.999999999999999e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  47.78 
 
 
377 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  46.94 
 
 
377 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.88 
 
 
383 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  44.04 
 
 
383 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  44.38 
 
 
377 aa  319  6e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
380 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.56 
 
 
382 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.82 
 
 
377 aa  308  8e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 
397 aa  306  3e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  41.87 
 
 
381 aa  306  4.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.56 
 
 
381 aa  305  8.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 
397 aa  303  5.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  41.19 
 
 
379 aa  299  7e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 
381 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 
377 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  42.34 
 
 
381 aa  286  5.999999999999999e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
385 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.01 
 
 
379 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.35 
 
 
385 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  39.24 
 
 
388 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  40.58 
 
 
385 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  40.87 
 
 
381 aa  262  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  39.72 
 
 
388 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  39.34 
 
 
387 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  39.72 
 
 
384 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.5 
 
 
384 aa  235  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  37.88 
 
 
381 aa  233  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.03 
 
 
378 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
385 aa  175  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
393 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.13 
 
 
378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
389 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 
381 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
379 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.95 
 
 
380 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
394 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
380 aa  157  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
381 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
382 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>