More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2131 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  772    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  77.31 
 
 
379 aa  599  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  74.93 
 
 
378 aa  591  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  77.11 
 
 
379 aa  587  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  70.68 
 
 
382 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  59.74 
 
 
379 aa  464  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  59.21 
 
 
379 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  58.47 
 
 
380 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  56.05 
 
 
379 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  57.22 
 
 
380 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  59.27 
 
 
380 aa  436  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  60.17 
 
 
379 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  52.97 
 
 
379 aa  395  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
385 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  51.2 
 
 
393 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
399 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  47.12 
 
 
381 aa  359  5e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  48.87 
 
 
381 aa  352  5e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  45.81 
 
 
383 aa  349  5e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  45.04 
 
 
381 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  47.74 
 
 
396 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  45.05 
 
 
393 aa  327  3e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  44.19 
 
 
392 aa  325  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  40.71 
 
 
394 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  43.58 
 
 
389 aa  316  4e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  43.1 
 
 
394 aa  310  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  40.31 
 
 
383 aa  297  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  41.88 
 
 
396 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  38.17 
 
 
405 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  36.71 
 
 
382 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  37.74 
 
 
382 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  36.88 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.4 
 
 
382 aa  234  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  36.98 
 
 
385 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  36.89 
 
 
382 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  36.72 
 
 
385 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  37.47 
 
 
382 aa  232  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  36.72 
 
 
385 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  36.72 
 
 
385 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.2 
 
 
385 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.4 
 
 
388 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
383 aa  229  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  37.81 
 
 
388 aa  229  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  36.08 
 
 
386 aa  229  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 
381 aa  226  6e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.46 
 
 
385 aa  226  7e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  36.54 
 
 
385 aa  225  8e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  34.68 
 
 
397 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  35.66 
 
 
383 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  35.6 
 
 
385 aa  224  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  37.29 
 
 
382 aa  223  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.28 
 
 
386 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
473 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
473 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
473 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
473 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
473 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
385 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.58 
 
 
385 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 
386 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  35.25 
 
 
379 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  34.89 
 
 
382 aa  216  7e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  34.88 
 
 
382 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  33.93 
 
 
379 aa  206  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  35.68 
 
 
385 aa  205  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
379 aa  204  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  35.36 
 
 
385 aa  202  7e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 
411 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 
397 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.87 
 
 
410 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
389 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.09 
 
 
389 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.81 
 
 
389 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
390 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
383 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
387 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.09 
 
 
389 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
381 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
387 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.81 
 
 
381 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.15 
 
 
382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
381 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
377 aa  169  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
373 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
377 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
379 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 
376 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
377 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.52 
 
 
384 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.63 
 
 
396 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  29.83 
 
 
389 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 
380 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.56 
 
 
389 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.48 
 
 
395 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 
386 aa  155  8e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
381 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>