More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3892 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
381 aa  758    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  58.58 
 
 
381 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  55.15 
 
 
382 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  49.07 
 
 
379 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  47.63 
 
 
383 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.27 
 
 
388 aa  364  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
385 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
385 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
385 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  46.61 
 
 
385 aa  362  8e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  49.72 
 
 
381 aa  361  9e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 
382 aa  361  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 
386 aa  361  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.47 
 
 
385 aa  360  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.95 
 
 
473 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.95 
 
 
473 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.95 
 
 
473 aa  360  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 
388 aa  359  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  47.37 
 
 
385 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  48.06 
 
 
383 aa  359  6e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
382 aa  358  7e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
473 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
473 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.37 
 
 
385 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 
382 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
385 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.68 
 
 
385 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  47.11 
 
 
385 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
379 aa  352  7e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  48.6 
 
 
382 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  47.37 
 
 
382 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.4 
 
 
382 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  47.44 
 
 
386 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  47.77 
 
 
385 aa  346  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.17 
 
 
386 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  46.94 
 
 
382 aa  338  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  46.01 
 
 
385 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  44.74 
 
 
411 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.6 
 
 
410 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 
397 aa  320  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 
385 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  42.26 
 
 
383 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  42.26 
 
 
383 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  43.8 
 
 
389 aa  312  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  44.18 
 
 
390 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.85 
 
 
389 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.26 
 
 
389 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.26 
 
 
389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.89 
 
 
395 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  43.34 
 
 
379 aa  297  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  42.71 
 
 
377 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.5 
 
 
389 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.63 
 
 
381 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.22 
 
 
389 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  41.36 
 
 
377 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.11 
 
 
382 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
377 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  40.84 
 
 
379 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 
377 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  41.04 
 
 
381 aa  275  9e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  39.11 
 
 
380 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  39.79 
 
 
377 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
387 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
387 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.71 
 
 
379 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  38.62 
 
 
385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  38.71 
 
 
397 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 
385 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.03 
 
 
385 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.5 
 
 
391 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.5 
 
 
394 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.5 
 
 
394 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  39.52 
 
 
397 aa  260  3e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.21 
 
 
385 aa  259  7e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  42.22 
 
 
385 aa  259  8e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  39.71 
 
 
385 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  39.23 
 
 
381 aa  250  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.14 
 
 
385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  39.63 
 
 
381 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  38.4 
 
 
388 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  36.65 
 
 
384 aa  236  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  39.5 
 
 
384 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  37.37 
 
 
387 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  35.58 
 
 
388 aa  216  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  35.96 
 
 
378 aa  216  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
394 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
392 aa  184  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.26 
 
 
378 aa  180  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  30.02 
 
 
394 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
379 aa  178  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
379 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  30.73 
 
 
385 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
389 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
393 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
380 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.63 
 
 
380 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
379 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>