More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0502 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
377 aa  757    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  97.61 
 
 
377 aa  712    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  54.52 
 
 
377 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
380 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  53.19 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  51.56 
 
 
385 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  50.53 
 
 
379 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 
382 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  51.61 
 
 
383 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  51.59 
 
 
385 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  52.04 
 
 
379 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.08 
 
 
382 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 
385 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 
385 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  51.33 
 
 
385 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  51.86 
 
 
385 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
386 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.31 
 
 
385 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.87 
 
 
385 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  53.22 
 
 
385 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  50.66 
 
 
386 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  51.52 
 
 
388 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  51.67 
 
 
382 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 
473 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  50.56 
 
 
383 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 
473 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.42 
 
 
388 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
381 aa  374  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.39 
 
 
385 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.39 
 
 
385 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.4 
 
 
386 aa  368  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  50.42 
 
 
382 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 
473 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 
473 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  47.51 
 
 
385 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.34 
 
 
473 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 
382 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  48.74 
 
 
382 aa  362  9e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  49.47 
 
 
390 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  48.84 
 
 
385 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  51.96 
 
 
385 aa  360  3e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  48.18 
 
 
389 aa  359  5e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  49.41 
 
 
381 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
379 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  48.04 
 
 
379 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  48.24 
 
 
385 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
381 aa  351  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.56 
 
 
389 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  47.62 
 
 
389 aa  349  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  48.29 
 
 
389 aa  348  6e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
382 aa  348  9e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  49.44 
 
 
385 aa  338  8e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.94 
 
 
395 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.22 
 
 
389 aa  335  7e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  46.94 
 
 
389 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.62 
 
 
387 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 
382 aa  331  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.03 
 
 
377 aa  330  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  44.68 
 
 
381 aa  322  8e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 
411 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  43.04 
 
 
383 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  43.17 
 
 
388 aa  317  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.29 
 
 
410 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  42.52 
 
 
383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 
397 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  45.73 
 
 
388 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.67 
 
 
382 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  46.34 
 
 
385 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  45.53 
 
 
387 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.8 
 
 
385 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  45.81 
 
 
387 aa  305  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 
384 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.8 
 
 
385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 
381 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 
385 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45 
 
 
391 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45 
 
 
394 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45 
 
 
394 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  40.96 
 
 
379 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  40.73 
 
 
384 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.27 
 
 
381 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 
381 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  41.13 
 
 
378 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  40.23 
 
 
397 aa  268  1e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  38.89 
 
 
397 aa  266  4e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 
392 aa  186  8e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
379 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
385 aa  179  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
394 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
394 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.02 
 
 
378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
379 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
389 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
381 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
380 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
393 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
393 aa  159  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
399 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
382 aa  159  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
379 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>