More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0995 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  770    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  53.44 
 
 
378 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  52.91 
 
 
380 aa  395  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  52.97 
 
 
379 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  54.18 
 
 
380 aa  385  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  50.69 
 
 
380 aa  382  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  52.27 
 
 
382 aa  374  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  51.06 
 
 
379 aa  374  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  50.4 
 
 
379 aa  373  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  52.71 
 
 
379 aa  373  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  48.35 
 
 
379 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  49.32 
 
 
379 aa  363  3e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
385 aa  359  5e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  50.56 
 
 
379 aa  353  4e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  47.18 
 
 
383 aa  348  1e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  47.18 
 
 
381 aa  342  8e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 
393 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 
399 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  43.24 
 
 
381 aa  322  9.000000000000001e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  43.21 
 
 
393 aa  315  7e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  41.85 
 
 
394 aa  311  9e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  43.66 
 
 
396 aa  308  6.999999999999999e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 
394 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  42.25 
 
 
392 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  39.57 
 
 
381 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  38.48 
 
 
383 aa  288  8e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  41.53 
 
 
389 aa  278  8e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  39.27 
 
 
396 aa  273  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  34.75 
 
 
381 aa  249  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  34.41 
 
 
405 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 
385 aa  225  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  34.63 
 
 
397 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  36.64 
 
 
382 aa  224  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  33.85 
 
 
386 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.55 
 
 
382 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
382 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
382 aa  218  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
382 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
383 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  33.76 
 
 
385 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  33.76 
 
 
385 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.76 
 
 
385 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
385 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  35.08 
 
 
382 aa  215  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  35.99 
 
 
379 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.73 
 
 
385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 
383 aa  214  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 
385 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  34.89 
 
 
381 aa  212  7.999999999999999e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.23 
 
 
385 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.42 
 
 
386 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
386 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 
385 aa  209  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.48 
 
 
385 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.48 
 
 
385 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 
473 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 
473 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 
473 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 
473 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 
473 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
411 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  34.63 
 
 
379 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 
385 aa  203  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  34.13 
 
 
379 aa  202  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 
385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.42 
 
 
410 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 
397 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.52 
 
 
388 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 
388 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
381 aa  194  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
382 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.83 
 
 
389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
387 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.56 
 
 
389 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
387 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.28 
 
 
389 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 
383 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
390 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.56 
 
 
382 aa  176  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
383 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
381 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
389 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
379 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.78 
 
 
384 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.53 
 
 
389 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.96 
 
 
389 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.12 
 
 
381 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
377 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
404 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1908  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 
403 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
377 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
377 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.42 
 
 
395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
402 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.84 
 
 
405 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>