More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0165 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  97.93 
 
 
387 aa  728    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
387 aa  790    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  57.74 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.48 
 
 
388 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.67 
 
 
410 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  61.02 
 
 
411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  61.28 
 
 
382 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.98 
 
 
382 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 
379 aa  461  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  58.84 
 
 
382 aa  461  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  59.08 
 
 
385 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  58.77 
 
 
383 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  58.56 
 
 
382 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  58.56 
 
 
397 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.76 
 
 
385 aa  450  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  58.99 
 
 
382 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 
385 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  56.86 
 
 
382 aa  448  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  56.02 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
385 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  56.02 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.28 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
385 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  57.53 
 
 
383 aa  445  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  56.02 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  56.02 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  54.88 
 
 
386 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
473 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
473 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
473 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
473 aa  444  1e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  56.54 
 
 
473 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  54.72 
 
 
379 aa  440  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  56.02 
 
 
385 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.03 
 
 
386 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  54.03 
 
 
386 aa  438  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  59.22 
 
 
382 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  59.78 
 
 
385 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  55.87 
 
 
381 aa  426  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.33 
 
 
389 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.06 
 
 
389 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  52.57 
 
 
390 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  50.94 
 
 
389 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  49.72 
 
 
389 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  53.78 
 
 
385 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  49.74 
 
 
389 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.4 
 
 
389 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  48.6 
 
 
382 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  49.04 
 
 
379 aa  358  9e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.72 
 
 
395 aa  355  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.11 
 
 
382 aa  352  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.37 
 
 
385 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 
385 aa  339  5e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.82 
 
 
385 aa  338  7e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  50.84 
 
 
385 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.28 
 
 
391 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.28 
 
 
394 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.28 
 
 
394 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.65 
 
 
383 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  44.12 
 
 
383 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.07 
 
 
381 aa  319  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  45.81 
 
 
377 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  43.99 
 
 
397 aa  315  9e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  45.25 
 
 
377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  42.16 
 
 
380 aa  312  4.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  43.44 
 
 
377 aa  312  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  46.09 
 
 
397 aa  306  5.0000000000000004e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.48 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  42.35 
 
 
377 aa  299  6e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
377 aa  297  2e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  42.59 
 
 
379 aa  294  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  41.29 
 
 
385 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  42.56 
 
 
381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 
388 aa  282  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  38.52 
 
 
381 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  38.46 
 
 
381 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.01 
 
 
384 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  42.82 
 
 
384 aa  275  9e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  41.41 
 
 
385 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  40.65 
 
 
387 aa  274  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.55 
 
 
379 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  41.08 
 
 
385 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  42.66 
 
 
381 aa  270  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.48 
 
 
378 aa  263  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  39.02 
 
 
388 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.11 
 
 
378 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 
392 aa  194  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 
399 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
379 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
379 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
385 aa  189  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
394 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
394 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 
379 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
379 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
379 aa  179  7e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
389 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
381 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>