More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2189 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  93.14 
 
 
379 aa  732    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  770    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  78.04 
 
 
380 aa  616  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  78.19 
 
 
380 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  82.49 
 
 
380 aa  610  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  71.31 
 
 
379 aa  570  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  74.5 
 
 
379 aa  564  1e-160  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  59.21 
 
 
379 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  57.89 
 
 
378 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  56.84 
 
 
379 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 
382 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  55.79 
 
 
379 aa  424  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  52.46 
 
 
385 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  50.4 
 
 
379 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
381 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  48.69 
 
 
399 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  49.47 
 
 
393 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  46.72 
 
 
381 aa  353  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  46.68 
 
 
383 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  45.55 
 
 
393 aa  340  2e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  46.61 
 
 
396 aa  335  9e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
381 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  42.44 
 
 
394 aa  322  6e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  44.85 
 
 
394 aa  318  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  42.63 
 
 
392 aa  313  3.9999999999999997e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  43.44 
 
 
396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  39.84 
 
 
383 aa  299  7e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  42.02 
 
 
389 aa  298  9e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  39.47 
 
 
405 aa  286  4e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  38.94 
 
 
381 aa  279  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  34.42 
 
 
397 aa  224  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  34.85 
 
 
397 aa  222  9.999999999999999e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 
382 aa  219  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  34.89 
 
 
382 aa  219  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  34.34 
 
 
382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  35.97 
 
 
388 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 
381 aa  215  9e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.85 
 
 
382 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.04 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 
385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 
379 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
383 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
383 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.03 
 
 
385 aa  210  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  33.97 
 
 
382 aa  210  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 
382 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
386 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
382 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
385 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
385 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  33.86 
 
 
379 aa  206  8e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
473 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
473 aa  206  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
473 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
473 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.13 
 
 
473 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
386 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  34.71 
 
 
385 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.04 
 
 
385 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
385 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  33.25 
 
 
385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.24 
 
 
386 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
411 aa  196  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.51 
 
 
410 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
397 aa  189  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
385 aa  183  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 
385 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
389 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
381 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
379 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
382 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.33 
 
 
389 aa  176  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
387 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
387 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  34.65 
 
 
373 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 
400 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.05 
 
 
382 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.24 
 
 
389 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.08 
 
 
389 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
382 aa  161  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
381 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
405 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
379 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.27 
 
 
405 aa  160  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
412 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
403 aa  156  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 
399 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
381 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.5 
 
 
381 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
383 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 
376 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
385 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
377 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
404 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  28.02 
 
 
389 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>